החוג למוסיקולוגיה באוניברסיטה העברית נוסד בשנת 1965 על-ידי אלכסנדר רינגר ז"ל מאוניברסיטת אורבנה-שמפיין אשר בארצות-הברית. היה זה החוג הראשון למוסיקולוגיה בארץ, ועם סגל מוריו נימנו כבר במהלך העשור הראשון לקיומו כמה מבכירי המוסיקולוגים בארץ ובעולם:ישראל אדלר ז"ל, בתייה באייר ז"ל, יהואש הירשברג , דון הרן, יוסף טל ז"ל, דליה כהן, רות כץ ואמנון שילוח. כמו אז, גם היום חוקרים בחוג ומלמדים מוסיקה על כל היבטיה תוך שימת דגש על ההקשרים המקומיים, הגלובליים ועל רב תחומיות. החוג מציע מגוון של קורסים בשלוש מגמות התמחות עיקריות: היסטוריה שלהמוסיקה במערב, אתנומוסיקולוגיה ותיאוריה מוסיקלית. בין מורי החוג מומחים למרבית התקופות במוסיקה המערבית, מימי הביניים ועד ימינו, כולל אופרה ודרמה מוסיקלית, כמו גם למוסיקה יהודית, ישראלית וחוץ-מערבית, לפסיכו-אקוסטיקה ולקוגניציה, לקונטרפונט ולהרמוניה, לאסתטיקה, לסמיוטיקה מוסיקלית, למוסיקה בזיקותיה לאמנויות אחרות ולביקורת תרבות. נוסף על המורשת המוסיקלית הקאנונית, מוקנה לתלמידים ידע במוסיקה בת זמננו, מוסיקה פופולארית (כולל ג'אז), מוסיקה ומחשבים ועוד.
מספר אנסמבלים מוסיקליים מאפשרים לתלמידים להתנסות ברפרטוארים שונים של מוסיקה, הן כמשתתפים והן כקהל; כל תלמידי שנה א' של החוג, למשל, משתתפים במקהלה או בתזמורת האוניברסיטה. החוג עורך מדי פעם סדנאות ביצוע במוסיקה מתרבויות שונות, ומקיים סדנה קבועה לביצוע מוסיקה אינדונזית מסורתית (גאמלן). קונצרטי יום ב' המתקיימים במסגרת החוג זה עשרות שנים, מבוצעים בידי טובי האמנים בארץ (הקונצרטים מתחילים בשעה 13:15 - הכניסה חופשית). לחוג קשרי עבודה הדוקים עם מוסדות המוסיקה בעיר ובארץ, עם תזמורות, עם האופרה הישראלית ועוד. הסמינר החוגי וימי העיון שמארגן החוג מהווים חלק מרכזי בשיח המחקרי-רעיוני במחלקה, ובמסגרתם מארח החוג דרך קבע חוקרים בעלי שם מכל רחבי העולם. המרכז לחקר המוסיקה היהודית, אשר עוסק בתיעוד, במחקר ובפרסום של מסורות של מוסיקה יהודית מן העבר ומן ההווה, פועל בסמיכות לחוג. המרכז נוסד על-ידי ישראל אדלר בשנת 1964, ומפרסם ספרים והקלטות רבים.
תלמידים לתואר ראשון יכולים ללמוד מוסיקולוגיה בתכנית חד-חוגית, כחוג ראשי במתכונת דו-חוגית, או כחוג משני. תלמידים החפצים להנות מהעולם המוסיקלי העיוני והמעשי גם יחד, יכולים להצטרף למסלולים המשותפים לאוניברסיטה העברית ולאקדמיה למוסיקה ולמחול בירושלים, שם ישתלמו בביצוע ובהלחנה. בחוג רואים חשיבות רבה בתוכנית ללימודי מוסמך במוסיקולוגיה ומטפחים קבוצה נבחרת של תלמידי מחקר לתארים מתקדמים. לרשות התלמידים עומדים חדרי פסנתר, מעבדת לומדה לפיתוח שמיעה ומעבדת מחקר המשמשת למחקרים אתנומוסיקולוגיים, לחקר ביצוע המוסיקה, ובאחרונה גם למחקרים זואולוגיים! אמצעי סינטוז שונים עומדים לרשות העוסקים בקוגניציה של המוסיקה.
לרשות התלמידים והחוקרים עומדת הספריה למוסיקולוגיה, שהיא חלק ממחלקת המדיה של ספרית הר הצופים הממוקמת בקומה 2 של הספריה. אוסף הספריה כולל ספרי מחקר, אנציקלופדיות וכתבי עת (לרוב כתבי העת יש גם גישה אלקטרונית), תווים (יצירות כוללות של חשובי המלחינים, סדרות של תווים מתקופות שונות ותווים של יצירות בודדות במהדורות שונות), ומאגרי מידע אלקטרוניים (מאגרים ביבליוגרפיים, אנציקלופדיים ומאגרי שמע). כמו-כן יש בספריה אוסף תקליטורים, סרטי וידאו ו-DVD, ואף תקליטים. הספריה מצוידת בכל המיכשור הנדרש על מנת לאפשר האזנה וצפיה.
בדף הבית של הספריה ניתן למצוא עצות לחיפוש יעיל בקטלוג, רשימת ספרי יעץ מרכזיים, רשימת כתבי עת אלקטרוניים,מבחר ממאגרי המידע בתחום, וכן הפניה לאתרי אינטרנט מוסיקולוגיים.
