Prowadzimy badania, dzielimy się wiedzą i kształcimy studentów, pokazując, że historia to żywa opowieść, która pomaga rozumieć współczesność. Instytut Historii kontynuuje prace pierwotnych struktur Wydziału Historii Kościoła Papieskiej Akademii Teologicznej, erygowanego przez Jana Pawła II w grudniu 1981 roku i działającego od października 1982. Właściwy początek historii Instytutu to 11 grudnia 2
008 roku – wówczas to, z inicjatywy ówczesnego dziekana, ks. PAT, rozbudowana struktura Wydziału Historii i Dziedzictwa Kulturowego została zreorganizowana. W efekcie katedry odpowiedzialne za prowadzenie studiów na kierunku "historia" weszły w skład nowo powstałej jednostki. Nominację na pierwszego dyrektora Instytutu otrzymał ks. dr hab Józef Wołczański i pełnił tę funkcję do końca września 2009 roku. W latach 2009-2012 pracami Instytutu kierował ks. dr hab Bogdan Stanaszek wraz ze swoim zastępcą ks. W latach 2012–2016 funkcję dyrektora sprawował dr hab. Jakub Sadowski, zaś wicedyrektora – dr Marcin Rzepka. Od września 2016 roku funkcję dyrektora sprawował ks. Andrzej Bruździński, prof UPJPII, a wicedyrektorem był o. Tomasz Gałuszka OP. Obecnie (od 2024) na czele Instytutu stoi kierownik dyscypliny historia dr hab. Tomasz Graff, prof. UPJPII, któremu pomagają w zarządzaniu Instytutem kierownicy trzech kierunków oraz ich zastępcy (zob. zakładka władze - https://ih-whidk.upjp2.edu.pl/wladze). Zakres badań prowadzonych w Instytucie odzwierciedla struktura wewnętrzna jednostki. W jej skład wchodzi obecnie osiem katedr, jedno laboratorium i jedna pracownia: Katedra Historii Starożytnej i Średniowiecznej, Katedra Historii Nowożytnej, Katedra Historii XIX i XX wieku, Katedra Nauk Pomocniczych Historii, Katedra Archiwistyki, Katedra Historii Polityki, Katedra Europy Środkowej i Wschodniej, Katedra Krajobrazu i Dziedzictwa Kulturowego, Laboratorium Dziejów Kultury Materialnej, a także Pracownia Historii i Kultury Przestrzeni Totalitarnej. Przyszłym studentom oferuje się szeroką i atrakcyjną ofertę dydaktyczną na 3 kierunkach. Kierunek Historia (ogólnoakademicki, I i II stopień). Bez dodatkowych opłat można poszerzyć studia na tym kierunku zdobywając uprawnienia do nauczania historii w szkołach. Kierunek Turystyka i Zarządzanie Dziedzictwem (praktyczny, I i II stopień)
Kierunek Archiwistyka, Zarządzanie Dokumentacją i Infobrokerstwo (praktyczny, I stopień)