Кафедру захисту рослин створено у 1937 році. До 1941 року і протягом 1944–1946 рр. її очолював доцент А. І. Міліневський. Пізніше дисципліни із захисту рослин викладали фахівці різних кафедр, у тому числі і селекції та насінництва, завідувачем якої був професор А. С. Молостов (1939–1941 рр. і 1944–1965 рр.), доценти: В. В. Собчук (1965–1975 рр.), М. Р. Соловйов (1975–1986 рр.), О. А. Дереча (1987–
1991 рр.).
Упродовж 1991–2006 рр. фахівці із захисту рослин викладали цикл дисциплін за напрямком та проводили наукові дослідження у складі кафедри рослинництва.
У 2006 р. в університеті відновлено кафедру захисту рослин як окремий структурний підрозділ та впроваджено освітню діяльність із підготовки фахівців за напрямом 6.090105 «ЗАХИСТ РОСЛИН», а наразі за спеціальністю 202 „ЗАХИСТ І КАРАНТИН РОСЛИН”.
Згідно з наказом № 77К від 03.03.2016 р. про реорганізацію структурних підрозділів ЖНАЕУ до кафедри захисту рослин було приєднано кафедру селекції та біотехнології. Завідувачем кафедри захисту рослин призначено кандидата сільськогосподарських наук, доцента Михайла Михайловича Ключевича.
Науково-педагогічний склад кафедри
На кафедрі працюють: завідувач кафедри, доктор сільськогосподарських наук, професор М. М. Ключевич; доктор сільськогосподарських наук, старший науковий співробітник О. О. Стригун; кандидати сільськогосподарських наук, доценти: Т. М. Тимощук, А. В. Бакалова, С. М. Вигера, П. Я. Чумак; Н. В. Грицюк, О. М. Невмержицька; кандидат біологічних наук, доцент І. В. Іващенко; кандидати сільськогосподарських наук, старші викладачі: Н. М. Плотницька, О. В. Гурманчук, С. Г. Столяр, асистент О. Ю. Гриценко, аспірант Л.М.Ільчишин. Із 2016 року на кафедрі читає курс лекцій із загальної та сільськогосподарської ентомології доктор сільськогосподарських наук, старший науковий співробітник, заступник директора з наукової роботі, завідувач лабораторії ентомології та стійкості сільськогосподарських культур проти шкідників Інституту захисту рослин НААН України О. О. Стригун.