Създаден през 1974 година от Министерство на транспорта, информационните технологии и съобщенията и Министерство на образованието като ведомствен учебен център, БМКЦ изминава дълъг път до утвърждаването си през 1989 г. като национален морски учебен център за следдипломна квалификация и обучение на специалисти за водния транспорт.
От 2000 г. БМКЦ е самостоятелно търговско дружество, предлагащо
на моряци от различни държави качествена подготовка, съгласно националните и международни стандарти за компетентност на морските лица.
От февруари 2008 г. Центърът е еднолично акционерно Дружество 100 % собственост на Министерство на транспорта, информационните технологии и съобщенията, а негов принципал – Министърът на транспорта, информационните технологии и съобщенията.
Използваните в Центъра съвременни методи за обучение, непрекъснатото обновяване на техническите средства, осъвременяването на учебните програми, привличането на преподаватели с богат практически и теоретичен опит определят високия престиж на БМКЦ сред българските учебни институции и важната му позиция в областта на българската морска индустрия.
Основната част от курсовете на БМКЦ се провеждат по одобрени от Изпълнителна агенция „Морска администрация” програми, а голяма част от тях се провежда и на английски език.
От 2003 г. БМКЦ е лицензиран от НАПОО Център за професионално обучение по професиите: корабен моряк, рулеви, корабен моторист, корабен електротехник, корабен готвач, корабен камериер, корабен фитер, а от 2005 г. ІІІ степен професионална квалификация по професиите „Корабоводител” и „Корабен техник”.
Високото ниво на учебния процес се постига с използването на най-съвременни морски симулатори – навигационен мостик, машинно отделение и симулатор за товарни операции с течни товари на фирма Кьонгсберг. Тяхното съвместно ползване осигурява обучение на морски командни кадри в условията на един виртуален кораб, експлоатиран в симулирана виртуална среда.
В допълнение на съществуващата богата база данни от корабни модели и симулирани райони за упражнения, с цел поддържане високото ниво на обучението по морска сигурност и безопасност, морско търсене и спасяване, защита на околната среда и борба с нефтени разливи, допълнително към основната библиотека с райони – Токио, Сингапур, Евро порт - Холандия, проливът Малака, пристанището в Сидни, Английски канал, Принс Уилямсаунд, Аляска,Босфор, Гибралтар, проливът Дарданели, Турция
Суецки канал (вкл. Порт Саид), Египет
Голяма ефективност на обучението осигурява и реалната среда, която създават учебният ветроходен кораб “Калиакра”, на който повече от 25 години се обучават практиканти от различни европейски държави, съвременните конвенционални бързоходни и спасителни лодки от различен тип, противопожарният полигон, специализираните лаборатории и др.
БМКЦ е акредитиран от Морска администрация за провеждане на над 40 курса, изисквани по Конвенцията STCW.
Центърът е лицензиран и от Националната агенция за професионално образоване и обучение (НАПОО) като Център за професионално обучение. Системата за управление на качеството в Центъра е освидетелствана от Лойдс Регистър за съответствие със стандарта ISO 9001:2008. Като член на БМК, Международната асоциация на институциите, свързани с обучение на морски лица GLOBAL MET, БМКЦ работи в тясно сътрудничество с колеги от сходни учебни институции.