O programa de ensino agrícola de grau elementar e médio foi institucionalizado, no Brasil, pela Lei Orgânica do Ensino Agrícola, Decreto Lei nº 9.613, de 20/08/1946, e artigos 2º e 4º do Decreto Federal nº 22.470, de 20/01/1947, que apresentava a seguinte inovação: criação de escolas agrícolas, que deveriam funcionar em regime de internato, onde seriam ministradas as quatro séries do 1º ciclo (Ginásio Agrícola) e as três séries do 2º ciclo, atribuindo-se aos concluintes o diploma de Técnico em Agricultura. Objetivando atingir as metas desse Decreto, em 07/05/1953, foi firmado um convênio entre o Governo da União e do Estado do Espírito Santo, para a formação de uma escola agrícola no Município de Alegre. Foi escolhida, para esse fim, a Fazenda da "Caixa D'Água", com área de 327,8 ha situada em Rive, Distrito de Alegre. Em 17/12/1974, conforme Lei Estadual nº 2.949, o Estado doou à União Federal a área de terra onde está situada a atual Escola. Em 29/06/1953, pela Portaria nº 825, da Superintendência do Ensino Agrícola e Veterinário - SEAV, Ministério da Agricultura, foi nomeado como primeiro Diretor da Escola, o Engenheiro Agrônomo Ivan Neves de Andrade, que iniciou a construção das instalações necessárias ao seu funcionamento. A Escola funcionou como Centro de Treinamento Rural nos dois primeiros anos do Governo Estadual de Carlos Lindenberg e, em 02/03/1962, foram iniciadas as atividades escolares. Em decorrência da Lei nº 4.024, de 20 de dezembro de 1961 (Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional), as Escolas Agrícolas passaram a ser denominadas de Colégios Agrícolas, ministrando as três séries do 2º ciclo (Colegial) e conferindo aos concluintes o diploma de Técnico Agrícola. Assim, em 13/02/1964, pelo Decreto nº 53.558, foi estabelecida a designação da Escola como Colégio Agrícola de Alegre. A partir do Decreto nº 83.935, de 04 de setembro de 1979, publicado no DOU de 05/09/1979, foi substituída a denominação de Colégio Agrícola de Alegre – CAA para Escola Agrotécnica Federal de Alegre – EAFA. A Escola Agrotécnica Federal de Alegre teve declarado regularidade dos estudos pela Portaria nº 20, de 29/08/1980, da Secretaria de Ensino de 1º e 2º Graus do Ministério da Educação e Cultura, depois vinculada à Secretaria de Ensino de 2º Grau, do Ministério da Educação, conforme item I da Portaria nº 833 de 01/12/1986. A Escola Agrotécnica Federal de Alegre-ES é uma Autarquia instituída pela Lei 8.731 de 16 de novembro de 1993, vinculada ao Ministério da Educação e do Desporto, nos termos do Art. 20, Anexo I do Decreto nº 2.147 de 14 de fevereiro de 1997, através da Secretaria de Educação Média e Tecnológica. Em 1997 foi implantado o Curso Pós-Técnico em Piscicultura, que em 2001, evoluiu para Técnico de Aqüicultura. Em 1999, foram implantados os Cursos Técnicos em Agroindústria e Informática, e em 2000, o Curso Técnico em Cafeicultura. Todos os cursos técnicos oferecidos pela Instituição foram reconhecidos pelo MEC, mediante portaria nº 219, de 11 de novembro de 2003, encontrando-se inseridos no Cadastro Nacional de Cursos Técnicos – CNCT. No ano de 2005, a EAFA teve aprovado pelo MEC seu primeiro Curso Superior de Tecnologia, o Tecnólogo em Aqüicultura, decorrente da evolução do então Curso Técnico em Aqüicultura. O curso superior de Tecnologia em Aqüicultura terá seu reconhecimento solicitado pela Instituição em meados do ano de 2007. No ano de 2007 foi implementado do Programa Nacional de Integração da Educação Profissional com a Educação Básica na Modalidade de Educação de Jovens e Adultos – PROEJA, mediante a oferta do Curso Técnico em Informática. Em 2009 a Educação de jovens e adultos passa a ser ampliada pela oferta do Curso Técnico em Agroindústria. No fim do ano de 2008, a Escola Agrotécnica Federal de Alegre atravessa mais um período de mudanças. Através da Lei 11.892, de 29 de dezembro de 2009, publicada no DOU no dia 30/12/08, o Governo Federal Institui a Rede Federal de Educação Profissional, Científica e Tecnológica, e cria os Institutos Federais de Educação, Ciência e Tecnologia.
