O Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia foi implantado em 1995 no Instituto de Química da UNESP, tendo como objetivo a formação de profissionais com uma visão global em Biotecnologia. O Programa foi inicialmente implantado com o Curso de Mestrado e em 2002 o Curso de Doutorado foi recomendado pela CAPES. A proposta de criação do curso, de uma forma institucional na UNESP, fundamentou-se pela
participação de docentes de diferentes unidades da UNESP e de outras Universidades com campi próximos, com o objetivo de possibilitar um maior aproveitamento dos recursos humanos, otimizar os recursos físicos existentes e ampliar a capacidade de formação interdisciplinar do Programa. A região central do Estado de São Paulo, onde a instituição sede do Programa está localizada caracterizava-se, na época, por um considerável desenvolvimento econômico decorrente da intensa atividade agro-industrial, particularmente nos setores cítrico e sucro-alcooleiro. Essa expansão industrial veio acompanhada de uma sólida estrutura educacional em todos os níveis, e nas diversas áreas do conhecimento, destacando-se a excelência do seu ensino universitário. Tal desenvolvimento demandava profissionais qualificados, técnica e cientificamente, com uma formação multidisciplinar, a qual lhes permitiria atuar de forma decisiva no novo contexto sócio econômico da região. Considerando essas tendências, o Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia foi plenamente inserido nesse contexto, pois apesar da existência de pesquisas dessa natureza nas unidades universitárias da região, não havia um curso que atendesse à necessidade de formação de profissionais com capacidade de atuação multidisciplinar. Além disso, os diferentes tipos de projetos de pesquisa em desenvolvimento no Programa, exigiam infra-estrutura laboratorial e de campo extremamente diferenciadas, o que seria muito improvável de se encontrar em uma única unidade de uma universidade com natureza multi-campus, como é o caso da UNESP. A idéia inicial foi a de exatamente aproveitar o potencial variado de recursos humanos e de infra-estrutura da UNESP, no sentido de otimizar custos em busca de resultados acadêmicos e tecnológicos apropriados. A filosofia inicial do Programa, portanto, requereu a presença de pesquisadores especialistas nas diferentes áreas do conhecimento. Em vista disso, o corpo docente inicial do Programa foi constituído por docentes de várias unidades da UNESP e de outras universidades estaduais paulistas. Entretanto, esta dispersão geográfica se mostrou ineficiente ao longo dos anos, tendo que ser revista por sugestão do Comitê Assessor da CAPES, no final de 2001. Isto exigiu por parte dos sucessivos Conselhos do Programa a tomada de atitudes visando a definição de uma identidade própria e, principalmente, melhoria na qualidade. Esta prática, apesar de ter descaracterizado o Programa em termos dos fundamentos idealizadores, foi implantada por meio de um ajuste nas linhas de pesquisa em grandes áreas, nas disciplinas oferecidas e na adequação do núcleo docente, compatível com a qualidade e os objetivos almejados pelo Programa. O resultado foi uma redução gradual no corpo docente, refletindo diretamente no número de inscrições e no número de alunos ingressantes, ao longo dos últimos anos. Aliado a este fato, uma redução no tempo de titulação foi estabelecida, como recomendado pelo Comitê de Avaliação da CAPES. Atualmente, o corpo de docentes permanentes do Programa é composto essencialmente por docentes/pesquisadores da UNESP, todos em regime de Dedicação Integral à docência e à Pesquisa (RDIDP) e vinculados em unidades do Campus de Araraquara (Instituto de Química e Faculdade de Ciências Farmacêuticas) e do campus de Jaboticabal (Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias). O Programa conta, atualmente, com um grupo reduzido de orientadores, porém todos conscientes e focados na responsabilidade da formação, com qualidade, de recursos humanos voltados para a área Biotecnológica. A infra-estrutura física instalada (laboratórios e equipamentos) é compatível com os objetivos e com a qualidade preconizados pelo Programa. As condições atuais de instalações dos laboratórios foram atingidas por meio de recursos conseguidos, principalmente, junto a agências de fomento, o que demonstra a qualidade acadêmica dos projetos desenvolvidos dentro das diferentes áreas de pesquisa do Programa. A qualidade do corpo docente tem permitido o desenvolvimento de pesquisa de alto nível, como demonstra o destino dos egressos e a produção científica por meio da publicação de artigos científicos e participação em eventos nacionais e internacionais. Uma análise da procedência e da formação acadêmica dos candidatos ao Programa, revela que a filosofia de formar profissionais de áreas diferentes, mas inter-relacionadas, tem sido plenamente atingida. Além de um atendimento regional, o Programa tem sido procurado por candidatos de outros estados e das mais diferentes formações profissionais: Químicos, Engenheiros Químicos e de Alimentos, Agrônomos, Biólogos, Farmacêuticos, Veterinários, Odontólogos, etc. É importante destacar a procura não só por alunos recém-graduados, mas também por profissionais de empresas, institutos, etc., que já apresentam experiência relevante em suas atividades. Dessa forma, a consolidação do Programa na formação de profissionais para a pesquisa e/ou docência do ensino superior foi sendo solidificada de forma rápida e segura ao longo dos anos. Grande parte do corpo discente está sendo contemplado com bolsas de estudo, por meio de quotas institucionais da CAPES e CNPq, e por meio de processos de solicitação individual junto à FAPESP, a qual tem apoiado significativamente o Programa, atribuindo por mérito um número expressivo de bolsas de Mestrado e Doutorado. O objetivo maior do Programa é o crescimento em Qualidade e Excelência, de modo que a meta para os próximos anos é conseguir melhorar o conceito junto a CAPES. Para que isto aconteça é fundamental aprimorar alguns indicadores, tais como produção científica e de patentes com discentes e qualidade das publicações. O Programa obteve em sua penúltima avaliação pela CAPESP conceito 4 (triênio 2004-2006) dentro da área de Ciências Biológicas II, mantendo esta nota no triênio 2007-2009 na nova área de Biotecnologia. É importante salientar que o conceito máximo entre os 30 Programas de Pós-Graduação em Biotecnologia existentes no Brasil é 5.
