Em 2002, o CENTRO UNIVERSITÁRIO FRANCISCANO propôs-se a criar o curso de Mestrado Profissionalizante em Ensino de Física e de Matemática, que teve seu funcionamento autorizado pela CAPES em 05/12/2003 e reconhecido pelo Parecer 050/2004, iniciando suas atividades em março de 2004. Esse curso tem como meta capacitar, em nível de pós-graduação stricto sensu, profissionais do ensino de Física e Matem
ática, em exercício nos níveis fundamental, médio e/ou superior, com foco na pesquisa aplicada e no desenvolvimento de produtos e processos educacionais que sejam implementados em condições reais de ensino. O curso teve a primeira defesa de dissertação realizada no início de 2006 e, até março de 2013, foram apresentadas 86 dissertações, 60 relacionadas com o ensino de Matemática e 26 relacionadas com o ensino de Física. Das 86 pesquisas desenvolvidas pelos mestrandos, 25 enfocaram o Ensino Fundamental; 43, o Ensino Médio; 15, o Ensino Superior; 3, a formação de professores. O curso possui duas linhas de pesquisa: a) Trabalho Pedagógico e suas repercussões no Ensino de Física; b) Trabalho Pedagógico e suas repercussões no Ensino de Matemática. Para a conclusão do Mestrado Profissional, são necessários 24 créditos, suficiência em uma língua estrangeira e defesa de dissertação sobre um trabalho de pesquisa do aluno. Em 2014, por iniciativa do corpo docente do Mestrado Profissional, com pronto apoio institucional, foi elaborado o projeto para criação dos cursos de Mestrado Acadêmico e Doutorado em Ensino de Ciências e Matemática com foco na formação de recursos humanos, visando ao fortalecimento da pesquisa em ensino no país. Esse projeto teve seu funcionamento autorizado pela CAPES em fevereiro de 2014, sendo avaliado com conceito 4, e as primeiras turmas do Mestrado Acadêmico e Doutorado ingressaram no dia 04 de agosto de 2014. Esses cursos apresentam duas linhas de pesquisa: a) Formação de professores de Ciências e de Matemática; b) Ensino e Aprendizagem de Ciências e Matemática. Para a conclusão do Mestrado Acadêmico são necessários 25 créditos, suficiência em uma língua estrangeira e defesa de dissertação sobre um trabalho de pesquisa do aluno. Para o Doutorado são necessários 30 créditos, suficiência em uma língua estrangeira e defesa de tese sobre um trabalho de pesquisa do aluno.