En el año 1996, fue creada la Sede Arauca de la Universidad Nacional de Colombia, mediante Acuerdo 40 de 1996 del Consejo Superior Universitario. Así mismo, a través del Acuerdo 24 de 1997, modificado por el Acuerdo 16 de 2009 del Consejo Superior Universitario se creó el Instituto de Estudios de la Orinoquia. En concordancia con lo dispuesto en el Estatuto General de la Universidad (Acuerdo 011 d
e 2005) se transformó la Sede Arauca, en Sede de Presencia Nacional de Orinoquia, a través de la cual la Universidad Nacional de Colombia se propuso garantizar su presencia en una zona estratégica para el desarrollo económico, político y social del país y consolidar su trayectoria académica e investigativa en la región de la orinoquia, dentro del proyecto de reconocimiento y presencia en las fronteras nacionales, geográficas y culturales y de construcción de la unidad nacional.