El Programa de Ingeniería de Sistemas forma profesionales capaces de diseñar software con efectividad, profesionales competentes que puedan crear y mantener sistemas de información en las organizaciones. En octubre de 1983, el Consejo Directivo de la Escuela aprobó la creación del nuevo programa de Ingeniería Informática, presentado por el Rector, ingeniero Gonzalo Jiménez Escobar, y el ingeniero
Ricardo Quintana Sighinolfi. En diciembre de 1985, el Icfes le concedió a la Escuela la licencia de funcionamiento con la solicitud de cambiar el nombre por Ingeniería de Sistemas. El Programa de Ingeniería de Sistemas empezó en la ESCUELA con un equipo de profesores que se desempeñaba con éxito tanto en el sector académico como en el privado o gubernamental. Entre ellos estuvieron los ingenieros Ricardo Quintana Sighinolfi y Jorge Eduardo Estrada Villegas, miembros fundadores de la ESCUELA y destacados profesionales del área de sistemas. En 1991 se crearon las decanaturas en la ESCUELA y en esta misma década los centros de estudios con el fin de dar soporte a la docencia y promover la investigación y la proyección social. La decanatura tiene adscritos tres centros de estudios: informática educativa, telemática e ingeniería de software, que apoyan los tres énfasis del programa: ingeniería de software, infraestructura computacional y sistemas y organizaciones.
