La historia de la Universidad en Manizales data del año 1944 cuando se propuso en el senado de la república la creación de dos facultades en la ciudad de Manizales, finalmente, el 3 de marzo de 1948, inició el funcionamiento de la Universidad con la carrera de Ingeniería Electromecánica, un año más tarde cambiaría su orientación hacia Ingeniería Civil. La Sede Manizales posee 264 docentes de plant
a, de los cuales el 19% son Doctores, el 48% son Magísteres, 22% son Especialistas y el 11% son Profesionales. Esta sede ofrece 12 programas de pregrado y 24 programas de posgrado: 2 Doctorados, 9 Maestrías y 13 Especializaciones. En 1966 inició labores la carrera de Administración de Empresas, en las modalidades diurna y nocturna. Posteriormente en 1969, inició clases la carrera de Arquitectura. Ingeniería Eléctrica, Química e Industrial iniciarían clases en 1970. La sede comenzó a ofrecer estudios de posgrados en 1986: Ciencias Físicas, Matemática Avanzada y posteriormente en 1988 las especializaciones en Administración de Sistemas Informáticos y Diseño de Sistemas de Auditoría. En 1988 se crean las facultades de Ingeniería y Arquitectura, así como la facultad de Ciencias y Administración. En 1991 se crea en la sede la carrera de Ingeniería Electrónica, en 1996 inician labores las Especializaciones en Evaluación Socioeconómica de Proyectos y en Ingeniería Ambiental con Énfasis en Sanitaria, posteriormente, en el año de 1997, comienza la Especialización en Finanzas con Énfasis en Preparación y Evaluación de Proyectos. Además, se crea mediante el acuerdo No. 6 de ese año la carrera de Administración de Sistemas Informáticos, siendo una de las únicas instituciones en ofrecer este programa en Colombia. En 1998 se crea la primera Maestría de la Sede: Física del Plasma, y una especialización en Semiótica y Hermenéutica del Arte. Se crean en la sede la carrera de Matemáticas y la carrera de Ingeniería Física. En el 2001, se crea la carrera de Gestión Cultural y Comunicativa. Éste último es único en el mundo.