La Facultad de Medicina de la Universidad Tecnológica de Pereira se creó en el año 1977, mediante el Acuerdo 012 de Julio 6. Surgió como una respuesta de la sociedad a las necesidades de educación en salud de la región. Confluyeron en esta aspiración un grupo de médicos, directivos académicos universitarios y de entidades como la Alcaldía de Pereira y la Gobernación del Departamento de Risaralda.
Se retomó la idea original del fundador de la UTP, en aquel momento bajo el liderazgo del rector doctor Juan Guillermo Ángel. Entre los médicos de la región que participaron en esta iniciativa se destacan Ehumir Téllez, Ariel Orrego, Fabio Vallejo y Luis Alberto Marín. Por parte de la Universidad se nombró una comisión para evaluar la factibilidad del proyecto conformada por los doctores Alvaro Rojas, Gustavo Arango, Hugo Forero, Alcibíades Reyes, Elkin López y Gustavo Orozco Restrepo. Con el apoyo de profesionales de las universidades de Antioquia, Caldas y Valle y funcionarios del sector Salud de Pereira y Risaralda, se redactó la propuesta técnica y científica, se definió el perfil del profesional, el plan de estudios y la estructura de la facultad. En vista de la aparición de nuevas facultades de medicina en el país , tales como la de la Universidad Libre de Cali, y la Universidad del Atlántico en Barranquilla, se acordó crear un Programa de Medicina novedoso y atractivo, basado fundamentalmente en dos ideas principales: una integración efectiva básico-clínica y un abordaje social de la Medicina a través de las Ciencias Comunitaria. En la consolidación de la idea también tuvieron una participación activa los doctores Santander Blanco, Alvaro Alegría y Jorge Araujo Grau de la Universidad del Valle, el doctor Mario Montoya de la Universidad Bolivariana de Medellín, y el doctor Jairo Bustamante de la Universidad de Antioquia, a la postre el primer coordinador del área de Ciencias Básicas del naciente Programa. Participaron además otros prestigiosos galenos entre los que se destacan Juan Carlos Mesa y Arturo Campo Posada, quien más tarde sería nombrado primer Director del Proyecto de la División de Ciencias de la Salud y primer Decano de la Facultad de Medicina. El Gobernador de la época, Gonzalo Vallejo Restrepo presentó ante la Asamblea Departamental un proyecto de ordenanza que reglamentó la respectiva reserva presupuestal y garantizó la financiación del proyecto con el aval posterior de la Duma y la sociedad pereirana. A nivel institucional, una vez aprobado por el Consejo Superior de la Universidad Tecnológica de Pereira, se dio licencia de funcionamiento a la Facultad de Medicina, bajo los siguientes términos:
"El presente proyecto de factibilidad sobre la creación legal de una Facultad de Medicina como base y fundamento de una futura División de Ciencias de la salud en la Universidad Tecnológica de Pereira, fue estructurado bajo la coordinación general del Departamento de Investigaciones, con la colaboración del personal directivo-administrativo de la Universidad, Gobernador del Departamento de Risaralda, Servicio Seccional de Salud de Risaralda, Unidad regional de Salud de Pereira, Dr. Hernando Álvarez Bolaño y profesionales del sector". La Facultad adelantó entonces, el primer convenio docencia-servicio con la Unidad Regional de Salud de Pereira, con sede en el Hospital San Jorge. Un año después, gracias a la nueva presencia de la Facultad, éste adquiere la condición de Hospital Universitario. En pleno desarrollo, el Programa adoptó la “autoevaluación para la acreditación” como una estrategia de desarrollo y se sometió a la mirada de pares externos. El resultado se evidenció en el año 2000 cuando le fue otorgada la acreditación por cinco años, y en ese momento, por siete años más, tal y como consta en la resolución 0033 del Ministerio de Educación Nacional. Después de su primer decano el doctor Alberto Campo Posada, le han sucedido en tan importante posición los doctores Juvenal Gómez, Alberto Orduz Suárez, Héctor Arteaga Pacheco (dos periodos), Eduardo Baena, Edgar Beltrán, Rafael Patrocinio Alarcón Velandia, Luis Alfredo Castrillón, Jesús Herney Moreno Rojas, Álvaro Estrada Ospina, Samuel Eduardo Trujillo Henao y Juan Carlos Monsalve Botero. Adicionalmente, la Universidad Tecnológica de Pereira, gracias al importante desarrollo de los últimos años, se ha convertido en un líder regional y nacional. Cada año se matriculan estudiantes de todos los rincones del país y de algunas ciudades de países vecinos. La Facultad de Ciencias de la Salud y específicamente el Programa de Medicina reflejan esa misma tendencia y acompañan a la Universidad en la búsqueda de la excelencia académica. Finalmente, con el objetivo de lograr la renovación de su acreditación, desde el 2011 el Programa conformó el comité “pro-acreditación”, integrado por médicos, docentes del programa y representantes de los estudiantes. Con una intensa agenda de trabajo, bajo la dirección de su actual Directora de Programa, la doctora Claudia Lorena Marín Restrepo, se presento el documento final de autoevaluación del programa base de la reacreditación del Programa de Medicina por 8 años a través de la resolución 1962 del 28 de febrero de 2013 emitida por el Ministerio de Educación Nacional.