Ústav částicové a jaderné fyziky (ÚČJF) vznikl v roce 1999 spojením tehdejšího Nukleárního centra a Katedry jaderné fyziky. Ústav sídlí v kampusu MFF UK v Tróji. Ředitelem ÚČJF je prof. Počátky ÚČJF se datují do roku 1955, kdy při UK vznikla Fakulta technické a jaderné fyziky (FTJF), jejíž prvním děkanem byl významný experimentální fyzik Václav Petržílka. Tehdy měla fakulta tři katedry pro obory: jaderná fyzika, jaderná chemie a fyzikální inženýrství. Za faktického zakladatele oboru Teoretická částicová a jaderná fyzika můžeme považovat Václava Votrubu. V roce 1959 byla FTJF přesunuta na České vysoké učení technické a byla rozdělena na Katedru teoretické fyziky (KTF) a Katedru jaderné fyziky (KJF). V roce 1967 se pak částicová a jaderná fyzika vrátila zpět na MFF a získala název Katedra teoretické fyziky II, neboť v té době již na Karlově působila Katedra teoretické fyziky I, na níž působili fyzikové jako Karel Kuchař, Josef Kvasnica, Jiří Bičák, Jiří Langer a další. Katedra teoretické fyziky II byla v roce 1973 přejmenována na Katedru teoretické jaderné fyziky. V roce 1979 se KTJF a část KJF přeměnila na Nukleární centrum a menší části KJF. Obě tyto instituce se v témže roce přestěhovaly do Tróji na současnou adresu V Holešovičkách 2. V roce 1999 pak spojením vznikl Ústav částicové a jaderné fyziky, jehož prvním ředitelem se stal prof. Jiří Hořejší. Jeho následovníkem byl od roku 2009 doc. Jiří Dolejší a v roce 2017 se stal ředitelem ÚČJF prof. Rupert Leitner. Zevrubnější popis historie ÚČJF nalezneme v příspěvku prof. Hořejšího na webové stránce ÚČFJ pod odkazem (http://ipnp.cz/?page_id=4679&lang=CZ). V současné době lze působení vědců na ÚČJF rozdělit do těchto oblastí: Teoretická částicová fyzika, Teoretická jaderná fyzika, Experimentální částicová fyzika, Experimentální jaderná fyzika, Neutrinová fyzika, Astročásticová fyzika a Detektory částic.
