En el Decreto del 20 de octubre de 1852, del Presidente Buenaventura Báez, que crea los Colegios Nacionales, uno en la Capital y otro en Santiago, aparece la instauración primera de cátedras que debió ser el embrión de la hoy Facultad de Ciencias: como había sido la tradición, adscrita a la de Ciencias Médicas. En 1882 el Padre Fernando Arturo de Meriño, entonces Presidente de la República, reorganizó los estudios que se impartían en el Instituto Profesional. Entre las medidas dictadas “amplió las cátedras de medicina; creó la de Farmacia, añadió los estudios de agrimensura a las matemáticas puramente teóricas”. En las actas del Consejo Universitario, del año 1909 en adelante, aparece como Facultad de Farmacia, aunque no se dispone del instrumento legal que la crea. En el Art. 848 del Código de Educación Común, de fecha 24 de noviembre del 1914, referente a la estructura de la Universidad cita entre sus facultades la de Farmacia y Ciencias Químicas. Los estudios de la Facultad se dividían en cincos cursos, correspondientes a cinco años de estudios. Los estudiantes aprobados en los tres primeros cursos de la Facultad recibían diploma de farmacéuticos de segunda clase; los aprobados hasta el cuarto curso, de farmacéutico de primea clase y los aprobados hasta el quinto curso, de Doctor en Farmacia (Art. 917 CEC). Por Ley No.1398 del 1937, adscribe a la Facultad de Farmacia y Ciencias Químicas, la Escuela de Químicos Azucareros. El 20 de septiembre del 1957, se crea el Instituto Químico, en la Facultad de Farmacia y Ciencias Químicas (Of. 20143 del 20 de septiembre de 1957). El Art. 6, del Estatuto Orgánico aprobado en el año 1962, mantiene la denominación de Facultad de Farmacia y Ciencias Químicas y de ella dependen las siguientes escuelas: Industria Farmacéutica, Química Superior, técnicos Azucareros y Análisis Clínico. En el Estatuto Orgánico aprobado en el año 1966, se le cambia el nombre a la Facultad de Farmacia y Ciencias Químicas, por el de Facultad de Ciencias.
