compgen.org

compgen.org Computational Genetics Research Group (University of Thessaly) Group leader is Dr Pantelis G. Bagos (Assistant Professor of Biology).

This is the official page of the Computational Genetics research group of the Department of Computer Science and Biomedical Informatics, of the University of Central Greece, Lamia, Greece. In these pages, the interested visitors may find relevant information concerning our research and teaching activities, information concerning the people working with the group and access the various com

putational tools and software that we have developed. Our research is focused on the computational analysis of biological sequences (DNA, RNA and proteins). Our main research interests include prediction of protein structure and function from the primary sequence, development of stochastic models for analyzing biological sequences, large-scale genome analyses, development of methodology for genetic association and gene expression studies.

https://link.springer.com/article/10.1186/s12859-025-06126-z
19/04/2025

https://link.springer.com/article/10.1186/s12859-025-06126-z

Background We present metacp an open-source software package which implements an abundance of statistical methods for the combination of both independent p-values, with methods such as Fisher’s, Stouffer’s and Edgington’s, and dependent p-values, with methods such as Brown’s method and the C...

https://link.springer.com/article/10.1186/s12859-025-06119-y
16/04/2025

https://link.springer.com/article/10.1186/s12859-025-06119-y

Background Genome-wide association studies have identified connections between genetic variations and diseases, but they only examine a small portion of single nucleotide polymorphisms. To enhance genetic findings, researchers suggest imputing genotypes for unmeasured SNPs to improve coverage and st...

22/10/2024

Στο πλαίσιο των ανακοινώσεων για τους συναδέλφους που έχουν συμπεριληφθεί στο 2% των κορυφαίων επιδραστικών ερευνητών-επιστημόνων παγκοσμίως (βιβλιομετρική μελέτ...

https://biodatamining.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13040-024-00385-x
05/09/2024

https://biodatamining.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13040-024-00385-x

Genome-wide association studies (GWAS) have revolutionized our understanding of the genetic architecture of complex traits and diseases. GWAS summary statistics have become essential tools for various genetic analyses, including meta-analysis, fine-mapping, and risk prediction. However, the increasi...

Εμφανίστηκε ένα νέο σύστημα κατάταξης ιδρυμάτων και επιστημόνων (τουλάχιστον εγώ δεν το γνώριζα). Το λενε ScholarGPS και...
04/08/2024

Εμφανίστηκε ένα νέο σύστημα κατάταξης ιδρυμάτων και επιστημόνων (τουλάχιστον εγώ δεν το γνώριζα). Το λενε ScholarGPS και ισχυρίζεται οτι μετράει διάφορα κριτήρια όπως παραγωγικότητα (αριθμό εργασιών), ποιότητα (ετεροαναφορές) και κάποιους σύνθετους δείκτες για να βγάλει κατάταξη και ποσοστά ανά γνωστικό αντικείμενο και ειδικότητα κ.ο.κ. Δεν ξέρω πόσο σοβαρή δουλειά είναι (φαίνεται πάντως σοβαρό σύστημα) αλλά ίσως και αυτό να έχει τα προβλήματα που αφορούν τις ταξινομήσεις σε ειδικότητες (εδικά για διεπιστημονικά αντικείμενα). Τέλος πάντων ξεκίνησα να χαζεύω τα ελληνικά ιδρύματα και εκεί φαίνεται να συμφωνεί με τις υπόλοιπες κατατάξεις, 10 Ελληνικά Πανεπιστήμια εμφανίζονται μέσα στα κορυφαία 1000 του κόσμου και ένα ακόμα είναι στη θέση 1008. Το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας είναι πάλι στη θέση νο 7 πίσω από ΕΚΠΑ, ΑΠΘ, ΕΜΠ, Πάτρα, Κρήτη και Ιωάννινα (τα ιστορικά πανεπιστήμια δηλαδή, με τα περισσότερα μέλη ΔΕΠ). Κοίταξα και την προσωπική μου σελίδα καθώς μου έστειλαν μηνυμα ότι με βάση το σύστημα τους είμαι στο ανώτερο 0.5% των επιστημόνων σε κάποιες κατηγορίες, αλλά προφανώς αυτές οι κατηγορίες είναι πολύ "στενές" για να θεωρηθούν γνωστικά αντικείμενα (πχ μετα-αναλυση ή ΗΜΜ κ.ο.κ.). Στα ευρύτερα αντικείμενα όπως Computer Science ή Bioinformatics με τοποθετεί, ανάλογα με το μέτρο κάθε φορά στο ανώτερο 1% ή στο 2% οπότε μάλλον και αυτό συμφωνεί με τη λίστα Ιωαννίδη (Στανφορντ). Τέλος πάντων, ξέρουμε για τις λίστες και την αριθμολαγνία αλλά δεν είναι κακό να χαιρόμαστε και που και που.

Browse scholar profiles and rankings from over 30 million scholars and 50 thousand institutions. Claim and update your profile - for free!

Late breaker poster abstract submissions for the 45th Conference of the International Society for Clinical Biostatistics...
05/06/2024

Late breaker poster abstract submissions for the 45th Conference of the International Society for Clinical Biostatistics http://iscb2024.info, 21-25 July 2024, Thessaloniki: Open June 7th until June 20th. Author notification: June 27th

https://x.com/iscb45/status/1798404929331097666

ISCB 45 THESSALONIKI2024 45th Annual Conference of the International Society for Clinical Biostatistics 21-25 July 2024 Thessaloniki Concert HallGreece Days Hours Minutes Seconds Vana Sypsa Giota Touloumi Invitation On behalf of the Local Organising Committee and the Scientific Program Committee, it...

02/10/2023

Εκδήλωση Ενδιαφέροντος

Το Εργαστήριο Μοριακής και Υπολογιστικής Βιολογίας και Γενετικής (ΕΜΥΒΓ) (http://dib.uth.gr/?page_id=7168), του Τμήματος Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική (ΤΠΕΒ), του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας (ΠΘ), αναζητά νέες και νέους υποψήφιους διδάκτορες και μεταδιδάκτορες για συμμετοχή σε μεγάλο ερευνητικό έργο βιοπληροφορικής. Το έργο έχει τίτλο "Γεφυρώνοντας μεγάλα ομικά και ιατρικά δεδομένα για έγκαιρη διάγνωση και θεραπεία" η οποία υπάγεται στην κατηγορία "ICT & Health / Ενοποίηση & ανάλυση μεγάλων δεδομένων για την ιατρική ακριβείας" και υλοποιείται στο πλαίσιο της Δράσης «Εμβληματικές δράσεις σε διαθεματικές επιστημονικές περιοχές με ειδικό ενδιαφέρον για την σύνδεση με τον παραγωγικό ιστό», με συντονιστή το ΠΘ και συμμετέχοντα ιδρύματα το Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ, το ΕΚ Φλέμινγκ και το Πανεπιστήμιο Πατρών, για την περίοδο 2023-2025. Οι ενδιαφερόμενοι/ες, οι οποίοι/ες θα πρέπει να έχουν ισχυρό υπόβαθρο σε βιοπληροφορική ή/και βιοστατιστική, και ειδικότερα σε υπολογιστικές και στατιστικές μεθοδολογίες για αναλύσεις βιολογικών δεδομένων μεγάλου όγκου, κυρίως γενετικών (GWAS κ.ο.κ.), παρακαλούνται να αποστείλουν βιογραφικά και να επικοινωνήσουν με τον Διευθυντή του ΕΜΥΒΓ και Συντονιστή του έργου, Καθηγητή Παντελή Μπάγκο για περισσότερες πληροφορίες ([email protected]).

https://www.mdpi.com/2227-9032/11/12/1678
07/06/2023

https://www.mdpi.com/2227-9032/11/12/1678

The new generation’s health and wellbeing is of paramount importance: it constitutes United Nations’ priority, complies with Children’s Rights and responds to the Sustainable Development Goals of the United Nations. In this perspective, school health and health education, as facets of the publ...

WORKSHOP – HIDDEN MARKOV MODELS FOR BIOLOGICAL SEQUENCE ANALYSIS: THE JUCHMME PACKAGEThis a 2-day course/workshop at Uni...
29/11/2022

WORKSHOP – HIDDEN MARKOV MODELS FOR BIOLOGICAL SEQUENCE ANALYSIS: THE JUCHMME PACKAGE

This a 2-day course/workshop at University of Thessaly (UTH) targeted to postgraduate level or advanced undergraduate students of biology, computer science, biostatistics, or bioinformatics. The workshop will take place virtually using teleconference (MS TEAMS) on December 9-10/2022. Topics will include

1. Introduction to Hidden Markov Models (HMMs) – Friday 9/12 16.00-18.00

· The model
· Decoding
· Training
· Labels

2. Applications of HMMs – Friday 9/12 18.30-20.30

· The PRED-TMBB method
· Detailed examples using JUCHMME

3. Extensions of HMMs – Saturday 10/12 10.00-12.00

· Methods that condition on previous observations
· Hidden Neural Networks
· Detailed examples using JUCHMME

4. Semisupervised methods for HMMs – Saturday 10/12 12.30-14.30

· The self-training method
· Variants of the method
· Detailed examples using JUCHMME

Potential participants may register here https://forms.gle/F8gyxyNpyYYsfR3c6 (participation is free)

Application deadline: 5/12/2022

Trainers:

Pantelis Bagos
Panagiota Kontou
Margarita Theodoropoulou
Theodosia Charitou
Ioannis Tamposis
Konstantina Vennou
Evangelia Stasi

http://icb.sci.uth.gr/?p=2551

November 29, 2022 giorgos Μη κατηγοριοποιημένο This a 2-day course/workshop at University of Thessaly (UTH) targeted to postgraduate level or advanced undergraduate students of biology, computer science, biostatistics, or bioinformatics.  The workshop will take place virtually us...

Address

Papasiopoulou 2-4
Lamía
GR35100

Alerts

Be the first to know and let us send you an email when compgen.org posts news and promotions. Your email address will not be used for any other purpose, and you can unsubscribe at any time.

Contact The University

Send a message to compgen.org:

Share