Svoje začetke naša ustanova ima u davnoj 1975.-oj godini kada su se u razdoblju komunističke vladavine u bivšoj Jugoslaviji predstavnici Evangeličke crkve i Saveza baptističkih crkava upustili u pothvat koji je za ono vrijeme bio avangardan: osnivanje protestantskog teološkog fakulteta. listopada 1976., a ime je dobio po istarskom protestantu te velikanu teologije i crkvene historiografije. Unatoč srazmjeno nepovoljnim povijesnim uvjetima u kojima je morao egzistirati, Fakultet nikada nije odustao od svoje ambiciozne vizije: biti mjesto kvalitetnog teološkog obrazovanja, duha ekumenizma te međureligijskog i svjetnonazorskog dijaloga kao i njegovanja specifično protestantske baštine. godine Fakultet ovu viziju ostvaruje u suradnji sa Sveučilištem u Zagrebu, a u godini obilježavanja 500 godina reformacije (2017.), naša ustanova, koja je više od četiri desetljeća egzistirala kao privatno vjersko učilište, postaje dijelom najvećeg i najrespektabilnijeg hrvatskog sveučilišta te nastavlja djelovati kao Sveučilišni centar za protestantsku teologiju Matija Vlačić Ilirik. Nastava kao i sve druge aktivnosti Centra održavaju se na prekrasnoj lokaciji u ulici Ivana Lučića 1a, u neposrednom susjedstvu Filozofskog fakulteta te Fakulteta strojarstva i brodogradnje, a svega nekoliko minuta hoda od Nacionalne i sveučilišne knjižnice. Program studija teologije na Centru ustrojen je kao trogodišnji preddiplomski i dvogodišnji diplomski studij. Pored teologije, studij dotiče mnoga područja s teologijom povezanih humanističkih i društvenih znanosti: povijest, filozofiju, psihologiju, pedagogiju, sociologiju... Intenzivno se uče stari (ili kako to naši studenti nazivaju: «egzotični») jezici poput hebrejskog, koine grčkog i latinskog, ali se usavršava i znanje engleskog jezika do stupnja akademskog čitanja i pisanja. Studij posebno potiče razvoj vještina kritičkog razmišljanja i čitanja te sposobnosti akademskog i publicističkog pisanja. Posebnu pozornost studij posvećuje primjeni stečenog znanja u području prakse i to kako one unutar kršćanskih crkava (pastoral, propovjedništvo, katehetski rad, karitativno djelovanje) tako i u širem društvenom kontekstu (boljitak društva, promicanje vjerskih sloboda, mirotvorstva i solidarnosti te ukidanje diskriminacije). Zbog toga je praktična, odnosno iskustvena nastava važan dio ovoga studija. Ona se uspješno ostvaruje suradnjom s partnerima, kako onima u zemlji, tako i s onima u inozemstvu. Istodobno, studij je u cjelini usmjeren prema jačanju proaktivnosti i osobne odgovornosti. Studij na našem Centru pruža i mogućnosti nastavka studiranja u zemlji i inozemstvu, a studenti koji su završili naš studij svjedoče o tome da su na ovome studiju dobili dobar temelj za daljnje obrazovanje, kao i kvalitetan poticaj za profesionalno usmjeravanje (uključujući i samozapošljavanje, posebno u sektoru socijalnog poduzetništva). Naše studente ponekad pitaju: «Što će ti teologija?». Najbolji su odgovor na ovo pitanje izjave nekih od naših mnogobrojnih uspješnih studenata. One pokazuju da profil naših diplomanata uspješno nalazi svoje mjesto kako u zvanjima povezanima s crkvama, tako i u zvanjima na području širega društvenog konteksta, a također pronalazi svoj put na eminentna svjetska sveučilišta.
