világháború után megszüntetett egyetemi szintű képzés – új nevén – a Janus Pannonius Tudományegyetem Tanárképző Karán, ahová ekkor a BTK és TTK is tartozott. E hatalmas szervezőmunka élén Ormos Mária történész professzor, akadémikus, az egyetem rektora és Polányi Imre, az immár egyetemi szintű Történelem Tanszék vezetője állt. Hívásukra jöttek az ország különböző pontjairól azok az oktatók, akik a
későbbi, korszakokra bomló tanszékek megalapítói és szervezői voltak. Az Ókortörténet megszervezését, a tantervi programok elkészítését és a leendő tanárok kiválogatását a római koros történész, epigráfus, vallástörténész Tóth Istvánra bízták. Az ókortudomány szakmai vezetőinek segítségével és ajánlásával állította össze azt a tanári gárdát, akik – az országban egyedülálló módon – az oktatott ókori területek és korszakok szinte teljes egészét lefedték. A megalakuló Ókortörténeti, majd Ókortörténeti és Régészeti Tanszék első vezetője Tóth István volt. Az oktatói programba beletartoztak félévente – nem ritkán több alkalommal is – a tanulmányi kirándulások és a nyári ásatási/régészeti/múzeumi gyakorlatok is. az érdeklődő hallgatók közös igényeként elkezdődött a római provinciális régészeti specializációs képzés szervezése és oktatása is.
1993-1994-ig Vargyas Péter (Ókori Kelet) vezette a Tanszéket, 1995-1996-ban Visy Zsolt (provinciális római régészet), majd 1997-1999-ig Vilmos László (ógörög történelem), 1999-től 2009-ig Vargyas Péter állt a Tanszék élén, melynek 1999-től helyettes vezetője Fekete Mária lett (őstörténet, őskori régészet), aki a tanszékvezető hosszabb külföldi ösztöndíjas útjainak idején a folyamatosságot képviselte.
2001-től elindult az Interdiszciplináris Doktori Iskolán belül, „A Kárpát-medence és az antik világ népeinek története, kultúrája és kapcsolataik az ókorban” című Ph.D. programunk is (vezető: Visy Zsolt). Az ókortörténet különböző korszakai iránt érdeklődő hallgatóink számára elindítottuk az ókortörténeti specializációs képzésünket is.
2004-től régészet szakos hallgatókat is képzünk (a régészeti képzést a Régészeti Szeminárium, 2008 őszétől az önálló Régészet Tanszék irányítja).
2006. augusztus 10-én meghalt tanszékünk alapítója, Tóth István. Helyét és oktatási területét utódjául kijelölt ( 1999-ben végzett) tanítványa, Szabó Ádám óraadóként, valamint a Kelet-mediterráneum ás Róma ókori történetét kutató Grüll Tibor egyetemi docens vette át. Az Ókori Kelet oktatásába 2006-tól tanítványunk, Csabai Zoltán kapcsolódott be.
Újabb, jelentős oktatásszerkezeti változásra 2006-tól került sor. Magyarországon ekkor vezették be a kétszintű felsőoktatást – BA-, és MA-képzést. Ennek nyomán szervezeti változások is történtek: a 2008/9-es tanévben, megalakult a Történettudományi Intézet, ahová a korábbi történelem tanszékeken kívül – az évek során létrejött újabbak mellett – az Ókortörténettől különvált Régészet is tartozik. Harmadik szintként – a doktori képzéseinket elvégző és disszertációjukat megvédő hallgatóink – Ph.D.-fokozatot is szerezhetnek.
2009. októberében tragikus körülmények között, váratlanul elhunyt az Ókortörténeti Tanszék vezetője, Vargyas Péter. Az Ókortörténeti Tanszék új vezetője Fekete Mária egyetemi docens lett.
