Doktrin dan gerakan NU mampu mendialogkan antara ajaran Islam dengan tradisi lokal. Dialog yang arif antara ajaran Islam dengan budaya lokal inilah yang kemudian menghasilkan ajaran Islam yang khas Indonesia. Yaitu Islam yang terkonstruk di atas prinsip dan sikap toleran (tasâmuh), moderat (tawassuth), pertengahan (i’tidal) dan berimbang (tawazun). Salah satu instrumen penting yang dapat digunakan
untuk mempertahankan dan mengembangkan ajaran tersebut adalah pendidikan. Dan salah satu organ NU yang bergerak dalam bidang pendidikan tinggi adalah STAINU Jakarta. Sejak berdiri pada tahun 2002, STAINU terus berkomitmen untuk terus menjaga, mengawal dan bahkan mengembangkan ajaran dan tradisi NU tersebut. Bentuk riil dari usaha pengembangan itu adalah dengan dibukanya beberapa prodi di lingkungan STAINU Jakarta, mulai dari PAI, Akhwal Syakhsiyah hingga Perbankan Islam. Tidak berhenti pada titik itu, pada tahun 2012 melalui sebuah tim kecil yang terdiri dari 7 orang STAINU bertekad untuk membuka program pascasarjana. Pada awalnya program pascasarjana ini akan membuka prodi Islamic Studies, namun setelah perdebatan panjang, akhirnya diputuskan bahwa prodi yang akan dibuka adalah Sejarah Peradaban Islam dengan stressing kajian pada bidang Islam Nusantara. Islam Nusantara dipilih sebagai core kajian karena STAINU Jakarta sadar betul bahwa kekayaan, keunikan dan kekhasan Islam Nusantara –yang selama ini menjadi ciri khas dan bahkan identitas NU- patut dieksplorasi lebih dalam dan selanjutnya dipublikasikan kepada dunai internasional. Berdasarkan tekad itulah, Pascasarjana Program Magister Sejarah Peradaban Islam dengan core kajin Islam Nusantara secara resmi mendapat izin penyelenggaraan dari Kementerian Agama RI berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 2744 Tahun 2012 tanggal 14 Desember 2012. Dengan diterbitkannya SK tersebut, maka perkuliahan secara resmi akan dimulai pada September 2013.
