Sejarah MTs Al-Amin tidak lepas dari berdirinya Yayasan Pendidikan Islam Al-Amin yang dirintis sejak 1 April 1977 dengan diawali berdirinya TK Al-Amin. Kemudian pada tanggal 1 Agustus 1985 secara resmi Yayasan Pendidikan Islam Al-Amin telah disahkan oleh akta Notaris I Gusti Kamaruzzaman, SH. Asfran Ismanoe
* Sekretaris : H.M. Thoyyib Al Barizie
* Bendahara : H. Majid TE.
* Anggota : H. Rosyid M.
* H.M. Said Ali Musthofa
Dengan semakin banyaknya lulusan dari madrasah ibtidaiyah dan sekolah dasar di Sekitar Al- Amin yang tidak tertampung pada jenjang pendidikan tingkat menengah negeri, maka untuk mengembangkan sayapnya, YPI Al-Amin pada tanggal 1 Juni 1986 mendirikan MTs Al-Amin. MTs Al-Amin didirikan pada tanggal 1 Juni 1986 di atas tanah seluas 600 m dengan bangunan seluas 447 m2. Berdirinya MTs Al-Amin merupakan hasil gagasan antara para ulama dengan pengurus YPI Al-Amin. Hal tersebut didasarkan atas disahkan akte pendirian YPI Al-Amin pada tanggal 1 Agustus 1985 nomor 2 oleh Notaris I Gusti Kamaruzzaman, SH. Pada tanggal 7 Mei 1993 MTs Al-Amin Malang melaksanakan akreditasi dengan mendapatkan Piagam Jenjang Akreditasi "Terdaftar" berdasarkan Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Timur nomor: Wm.03/06.3/PP.03.2/1981/1993. Dalam perkembangannya pada tanggal 9 Juli 1997 MTs Al-Amin Malang mengikuti akreditasi untuk meningkatkan statusnya sehingga pada saat itu pula statusnya menjadi "Diakui" dengan nomor: Wm.06.03/PP.03.2/1838/SKP/1997. Seiring dengan berkembangnya kualitas pendidikan di MTs Al-Amin dan berakhirnya masa akreditasi yang lama. MTs Al-Amin kembali mengikuti akreditasi dan dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Menteri Agama No. B/Kw.13.4/MTs/1265 tanggal 11 April 2006 maka status MTs Al-Amin berubah menjadi Terakreditasi B sampai dengan saat ini. Lembaga Pendidikan Islam Al-Amin kini telah mendirikan beberapa lembaga pendidikan, yaitu:
1. TK Al-Amin I, beralamat di Jl. Plaosan Timur Blimbing Malang
2. TK Al-Amin II, beralamat di Jl. Sidomulyo II Blimbing Malang
3. TK Al-Quran Al-Amin
4. Taman Pendidikan Diniyah Al-Amin
5. MTs Al-Amin, beralamat di Jl. Sidomulyo II/19 Blimbing Malang
6. MA Al-Amin, beralamat di Jl. Sidomulyo II Blimbing Malang
Dalam prosesnya, MTs Al-Amin sudah mengalami empat kali pergantian kepala sekolah. Yang pertama kali menjadi kepala madrasah adalah Drs. Wasik Ruham yang menjabat mulai tahun 1986 sampai dengan 1989. Selanjutnya digantikan oleh Drs. Husnan Abror mulai tahun 1989 sampai dengan tahun 1994. Kemudian digantikan Dra. Lestanti dengan masa bakti tahun 1994 sampai dengan Agustus 1998. Selanjutnya mulai Agustus 1998 sampai dengan sekarang jabatan kepala madrasah dipegang oleh Bapak Dwi Gianto, S.Pd. MTs Al-Amin Malang merupakan madrasah dengan jenjang tsanawiyah (setara Sekolah Menengah Pertama) yang berciri khas Islami dengan aqidah Ahlussunnah wal jama'ah. Sebagai madrasah, lembaga ini berada di bawah naungan Departemen Agama dan memiliki nilai plus dari sekolah umum. Madrasah ini mempunyai komitmen untuk menghasilkan putra bangsa yang memiliki bekal seimbang antara IPTEKS (Ilmu Pengetahuan, Teknologi, dan Seni) dengan IMTAQ (Iman dan Taqwa). Sampai saat ini MTs Al-Amin telah meluluskan siswa-siswi dengan bekal pengetahuan dan budi pekerti luhur. Lulusannya kini banyak yang telah menjadi orang-orang yang sukses
