Sejarah Universitas Airlangga berawal dari cikal-bakal lembaga pendidikan Nederlands Indishe Artsen School (NIAS) dan School Tot Opleiding van Indishe Tandartsen (STOVIT), masing-masing didirikan oleh pemerintah Hindia Belanda pada tahun 1913, dan 1928. Setelah masa pergolakan kemerdekaan sempat terganggu kelancarannya, pada tahun 1948 pemerintah pendudukan Belanda mendirikan Tandheelkunding Institut yang merupakan cabang Universiteit van Indonesie Jakarta dan membuka kembali NIAS dengan nama Faculteit der Geneeskunde yang juga sebagai cabang Universiteit van Indonesie Jakarta. Pemerintah Republik Indonesia baru resmi membuka Universitas Airlangga, Surabaya, - yang merupakan lembaga pendidikan tinggi pertama di kawasan timur Indonesia – pada tahun 1954. Persmian Universitas Airlangga dilakukan oleh Presiden RI pertama, Dr. Ir. Soekarno, bertepatan dengan peringatan Hari Pahlawan yang ke-9, tanggal 10 November 1954. Secara legal pendiriannya ditetapkan dengan Peraturan Pemerintah No. 57/1954. Pada saat diresmikan Universitas Airlangga terdiri atas lima fakultas, yaitu :
Fakultas Kedokteran;
Fakultas Kedokteran Gigi, yang semula merupakan cabang dari Universitas Indonesia;
Fakultas Hukum, yang semula merupakan cabang dari Universitas Gadjah Mada;
Fakultas Sastra, yang berkedudukan di Denpasar, yang pada tahun 1962 fakultas ini memisahkan diri dari Universitas Airlangga untuk menjadi bagian dari Universitas Udayana;
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, yang berkedudukan di Malang, dan pada tahun 1963 memisahkan diri dari Universitas Airlangga menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Negeri Malang, yang sekarang telah berubah menjadi Universitas Negeri Malang (UM). Sejak didirikan, Universitas Airlangga terus berkembang, antara lain dengan melahirkan fakultas-fakultas baru. Secara berturut-turut fakultas-fakultas yang lahir adalah :
Fakultas Ekonomi dan Bisnis, berdiri tahun 1961 yang berasal dari Perguruan Tinggi Ekonomi Surabaya;
Fakultas Farmasi, berdiri tahun 1963;
Fakultas Kedokteran Hewan, berdiri tahun 1972 yang berasal dari Universitas Brawijaya;
Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, berdiri tahun 1977;
Fakultas Sains dan Teknologi, berdiri pada tahun 1982, yang sebelumnya bernama Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan;
Fakultas Non Gelar Kesehatan, merupakan pengembangan dari Pendidikan Ahli Laboratorium (PALK). Pada tahun 1993 lembaga ini ditutup dan diintegrasikan pada beberapa Fakultas, berdasarkan jenis program studinya;
Fakultas Pascasarjana, berdiri pada tahun 1982, selanjutnya pada tahun 1991 berubah menjadi Program Pascasarjana;
Fakultas Psikologi, berdiri pada tahun 1993, merupakan pengembangan dari Program Studi Psikologi pada Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik;
Fakultas Ilmu Kesehatan Masyarakat, terdiri tahun 1993 merupakan pengembangan dari Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat pada Fakultas Kedokteran;
Pada tahun 1998, Universitas Airlangga kembali memiliki Fakultas Sastra, yang merupakan pengembangan dari Program Studi Sastra Indonesia dan Program Studi Sastra Inggris pada Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik dan mulai tahun 2008 berubah nama menjadi Fakultas Ilmu Budaya;
Fakultas Keperawatan, berdiri pada tahun 2008, merupakan pengembangan dari Program Studi Ilmu Keperawatan pada Fakultas Kedokteran;
Fakultas Perikanan dan Kelautan, berdiri pada tahun 2008, merupakan pengembangan dari Program Studi Budidaya Perikanan pada Fakultas Kedokteran Hewan. Perkembangan tersebut menandakan bahwa kehadiran dan kiprah Universitas Airlangga diterima, diapresiasi, dan dibutuhkan oleh masyarakat. Perkembangan tersebut saat ini terus berlangsung, antara lain dengan pembukaan program-program studi baru, peningkatan dan pengembangan bidang dan strata pendidikan yang ada, sehingga saat ini Universitas Airlangga dengan tiga belas fakultas dan 1 program pascasarjana dan memiliki 127 program studi (prodi) dari berbagai jenjang, meliputi program akademik, vokasi, dan spesialis, yang mampu melayani lebih dari 20.000 mahasiswa. Nama-nama Rektor yang pernah dan sedang memimpin Universitas Airlangga adalah :
Prof. Toha (1961-1965)
Kol. Chasan Durjat, SH (1965-1966)
Prof. Dr. Dr. Eri Sudewo (1966-1974)
Prof. Dr. Kwari Setjadibrata (1974-1975)
Prof. Abdul Gani, SH., MS. (1976-1980)
Prof. Dr. dr. Marsetio Donosepoetro (1980-1984)
Prof. Dr. Soedarso Djojonegoro (1984-1993)
Prof. Bambang Rahino S. (1993-1997)
Prof. Soedarto, DTM&H., Ph.D (1997-2001)
Prof. Dr. Med. Puruhito (2001-2006)
Prof. Fasich, Apt (2006-2015)
Prof. Dr. Mohammad Nasih, S.E., M.T., Ak., CMA. (2015 - sekarang)
