Nama Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM) ditetapkan berdasarkan Statuta UNSIQ Tahun 2008 untuk mewadahi prodi-prodi kesehatan dan keperawatan. Hingga saat ini baru dibuka satu prodi di FKM, yakni Prodi Keperawatan (D-3) yang juga dikenal sebagai Akademi Keperawatan (Akper) yang merupakan salah satu embrio bagi berdirinya UNSIQ Jawa Tengah di Wonosobo. Akper UNSIQ berdiri pada tanggal 22 April 1996
bertepatan tanggal 3 Dzulhijjah 1416 H. Menteri Kesehatan RI Nomor: HK.00.06.1.1.540A. Bertepatan dengan tanggal tersebut diadakan peresmian pembukaan pendaftaran mahasiswa baru yang ditandai dengan Tabligh Akbar yang dihadiri dan diresmikan oleh KH. Abdurrahman Wahid (Ketua Umum PBNU) di Kampus IIQ. Dalam perkembangannya, Akper UNSIQ telah berstatus Terakreditasi B. Dalam perkembangannya, pada tahun 2010 FIKES UNSIQ memiliki dua program studi yaitu Program Studi D-III Keperawatan dengan SK. DIKTI No. 235/D/T/K- VI/2010 dan sudah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan nomor: 005/BAN-PT/Ak-IX/Dpl-NI/2011 dan program studi D-III Kebidanan dengan SK. DIKTI No. 148/D/O/2010. Sebagai perguruan tinggi unggulan di Wonosobo, FIKES UNSiQ berusaha mencetak tenaga profesional dalam bidang kesehatan, sekaligus memberikan wawasan Al-Qur’an kepada peserta didiknya. Proses belajar mengajar di FIKES UNSIQ memadukan kurikulum pendidikan kesehatan profesional dengan nilai-nilai keislaman dan ke Al-Qur’anan.
