اين واحد در سال 1366 با عنوان آموزشكده كشاورزي با جذب 40 نفر دانشجو در مقطع كارداني امور زراعي آغاز به كار كرد. طي سالهاي 1370 تا 1373 اقدام به خريد زميني به مساحت 110 هكتار جهت توسعه در منطقة گلشهر نمود.
در فاصله سالهاي 1372 تا 1374 اقدام به افزايش رشتههاي تحصيلي تا سقف 4 رشته شامل مهندسي باغباني، گياهپزشكي و خاكشناسي در مقطع كارشناسي و تكنولوژي توليدات كياهي در مقطع کاردانی كرد.
این آموزش
کده در سال 1377 به دانشکده کشاورزی ارتقاء يافت.
در بهمن 1383 با تبديل آن به مجتمع آموزش عالی مراغه موافقت به عمل آمد و در ارديبهشت ماه 1384 موافقت قطعی آن صادر گرديد.
با ادامه روند توسعه در دی ماه 1385 مجوز اصولی ارتقای این مجتمع به " دانشگاه مراغه" از سوی شورای گسترش آموزش عالی کشور صادر گردید.
به دنبال آن در لایحه ی بودجه ی سال 1387 کل کشور ردیف بودجه مستقلی برای این دانشگاه منظور گردید که به تبع آن، این دانشگاه از نظر مالی هم به استقلال رسید که گام بزرگی در جهت رشد دانشگاه محسوب می گردید.
دانشکده های دانشگاه مراغه عبارت اند از:
1- دانشکده کشاورزی تأسیس 1366
2- دانشکده علوم پایه تأسیس 1385
3-دانشکده فنی و مهندسی تأسیس 1388
4-دانشکده علوم انسانی تأسیس 1389
5- دانشکده هنر مورد موافقت اصولی قرار گرفته است و بزودی شاهد تأسیس آن خواهیم بود.
رشته های تحصیلی :
دانشکده کشاورزی:
1. تکنولوژی تولیدات گیاهی (کاردانی)
2. مهندسی کشاورزی علوم خاک (کارشناسی)
3. مهندسی کشاورزی گیاهپزشکی (کارشناسی)
4. مهندسی کشاورزی علوم باغبانی (کارشناسی)
5. مهندسی کشاورزی زراعت واصلاح نباتات (کارشناسی)
6. مهندسی کشاورزی- زراعت (کارشناسی ارشد)
7. مهندسی کشاورزی- حشره شناسی (کارشناسی ارشد)
8. رشته زراعت گرایش فیزیولوژی گیاهان زراعی (دکتری)
دانشکده علوم پایه:
1. شیمی کاربردی (کارشناسی)
2. ریاضی کاربردی (کارشناسی)
3. زیست شناسی سلولی مولکولی (کارشناسی)
4. ریاضی محض گرایش آنالیز (کارشناسی ارشد)
5. ریاضی محض گرایش جبر (کارشناسی ارشد)
دانشکده فنی و مهندسی:
1. مهندسی عمران گرایش آب (کارشناسی)
2. مهندسی عمران بدون گرایش (کارشناسی)
3. مهندسی مواد گرایش متالوژی صنعتی (کارشناسی)
4. مهندسی ساخت و تولید (کارشناسی ارشد)
دانشکده علوم انسانی:
1. حقوق (کارشناسی)
2. جغرافیا و برنامه ریزی شهری (کارشناسی)