L'Ateneo di Brescia è diretto discendente dell'Accademia di scienze, lettere, agricoltura ed arti del Dipartimento del Mella che, a sua volta, trae origine dalla Società del Liceo voluta dalla Commissione di Istruzione Pubblica del Dipartimento del Mella, che succedette al Comitato di Pubblica Istruzione della Repubblica Bresciana (1797); Commissione e Società riconosciute, poi, dal governo della
Repubblica Italiana (1802). Non sempre torna facile disegnare ascendenze e discendenze in un ideale albero genealogico, ma per quanto ci riguarda una cosa sembra certa: l'Ateneo non originerebbe da alcuna delle numerose accademie che, fin dal XV secolo, fiorirono nel Bresciano. E' stato fatto cenno alla Società del Liceo: un organismo nuovo, forse unico per quei tempi, in grado di assumersi il non facile compito di portare istruzione e cultura in un territorio ove scarseggiano le istituzioni a ciò preposte. In breve tempo, però, data la rapida evoluzione di quella Società nel contesto culturale locale, si è reso necessario operare una distinzione fra Liceo-scuola e Liceo-accademia e, proprio in questa ricerca di ruoli, nel 1802, il «Liceo-accademia» prende il nome di «Accademia del Dipartimento del Mella», che in seguito, nel 1808, diventerà «Accademia di scienze, lettere, agricoltura ed arti del Dipartimento del Mella». Nel 1810 un decreto napoleonico inteso a fare ordine, determina che le istituzioni culturali che operano nei capoluoghi regionali, nel campo delle scienze e delle lettere, siano elevate al rango di Accademie reali (p. es. l'Accademia di Scienze e Lettere di Milano, oggi Istituto Lombardo di Scienze e Lettere), mentre «[...] le altre Accademie o Società destinate [...] all' ìncremento delle scienze e delle arti, saranno riformate in modo che ve ne sia una sola nella rispettiva città, e la stessa porterà il titolo di Ateneo»; ecco perché, dal 1811, anno in cui venne data esecuzione al citato decreto napoleonico, il nostro Ateneo si chiama appunto «Ateneo di Brescia» con la naturale aggiunta esplicativa di «Accademia di scienze, lettere ed arti», per sottolineare il legame col sodalizio già esistente, nonché per distinguerlo, oggi soprattutto, dall'università che fa improprio uso del termine “Ateneo”, anche se ormai entrato nel linguaggio comune quale suo sinonimo. L'attuale Consiglio di Presidenza è formato da:
Presidente
Prof. Antonio Porteri
Vice Presidente
Prof.ssa Marina Candiani
Segretario
Dott. Luciano Faverzani
Amministratore
Dott.ssa Renata Stradiotti
Direttore Classe di Lettere
Prof. Pierfabio Panazza
Direttore Classe di Scienze
Prof. Giancarlo Provasi
Consiglieri
Prof. Fabio Danelon
Prof. Pietro Gibellini
Prof. Maurizio Pegrari
Prof. Valerio Terraroli
Vice Segretario
Dott. Enrico Valseriati
Collegio Revisori
Avv. Marcello Berlucchi
Dott. Francesco Passerini Glazel
Dott. Alessandro Tita
Presidenti Emeriti
Prof. Sergio Onger