La raccolta di preparati anatomici (quasi esclusivamente scheletri interi ed ossa separate) è iniziata in concomitanza con l'apertura della Scuola di Veterinaria, per la necessità di avere materiale per le dimostrazioni pratiche agli allievi. Le prime notizie di una organizzazione più razionale dei preparati anatomici risalgono al 1835, quando l'allora Direttore Prof. Ferdinando de Nanzio des
tinò un’apposita sala a contenere gli scheletri in dotazione, e fra questi occorre ricordare due cavalli da parata donati alla Scuola da Gioacchino Murat e tutt'ora conservati nel Museo Anatomico. Le prime notizie di un inventario dei preparati le possiamo cogliere da una relazione, datata 18.12.1854, compilata dal Consultore di Stato e Presidente provvisorio del Consiglio Generale della Pubblica Istruzione del regno di Napoli Cav. Emilio Capomazza, in seguito ad una ispezione effettuata presso la Scuola. Da detta relazione risultavano presenti in una sala scheletri di cavallo, di cammello, di canguro, di cane, di struzzo, di capra, di bovino, di pecora, un lupo imbalsamato, un aborto di giumenta e numerose ossa di animali diversi. Nella relazione erano anche descritte, nell'ambito del «gabinetto di Anatomia e Patologia» una raccolta di Embriologia comparata ed una collezione di mascelle di equino. Nel 1861 la prima organizzazione razionale dei preparati anatomici in un vero e proprio Museo, che andò ad occupare un ampio locale (m. 29 x m. 8) situato al secondo piano della Scuola. Giovanni Paladino, titolare della Cattedra di Anatomia e Fisiologia Comparata dal 1862 al 1902. Il suo lavoro è testimoniato dall'allestimento di ottimi preparati, principalmente muscoli degli arti di vari animali e di cuori iniettati, tutt'ora presenti nel Museo Anatomico. Successivamente, sotto la guida del Prof. Antonio de Girolamo (Direttore dell'Istituto di Anatomia dal 1953 al.1977 circa), il Museo Anatomico ha subito un notevole sviluppo e si è arricchito di preparati moderni di vario tipo, fra cui organi inoculati con materiale plastico per la messa in evidenza dei vasi. In più ha acquisito la collezione donata all'Isti tuto dal Prof. Vincenzo Diamare, illustre studioso di Istologia presso la Facoltà di Scienze di Napoli. Attualmente il Museo Anatomico, diretto dal Prof. Paolo de Girolamo, è annesso al Dipartimento di Medicina Veterinaria e Produzioni Animali e occupa locali posti al piano terra ed al terzo piano. Tra i preparati più rappresentativi racchiusi nelle bacheche possiamo ricordare: un preparato raffigurante la testa ed il collo di un cavallo, allestito nel 1835 dal Dott. Mazza, nel quale sono ben visualizzabili, oltre ad i muscoli, i vasi sia arteriori sia venosi della regione; metà cranio di equino montato su di un piedistallo di legno (bacheca M; allestito dal Dott. Mazza nel 1824) sul quale è messo in evidenza l'ulti mo tratto dell'arteria carotide di destra con i suoi due rami terminali (aa. mascellare interna e temporale superficiale), uno dei suoi collaterali (a. occipitale) ed il punto di origine delle arterie mascellare esterna e masseterina; una collezione di cuori iniettati (bacheca A) allestiti dal Prof. U. Barpi agli inizi del secolo; una pregevole collezione in cera raffigurante le principali fasi dello sviluppo embrionale umano e di alcuni organi realizzata da Ziegler . La collezione Diamare comprendente esemplari, sia a secco sia in formalina, di fauna Mediterranea; una collezione comprendente preparati di lingua, reni, milze e cuori iniettati con sostanze plastiche che ne mettono in evidenza la trama vascolare (bacheche A e E). Tra gli scheletri disposti nel corridoi che si vengono a creare tra le varie bacheche bisogna ricordare esemplari di equini, bovini, ovini, suini, carnivori, marsupiali, uccelli, roditori, ruminanti non domestici, due esemplari in gesso (risalenti al 1859) raffiguranti la muscolatura esterna di un equino e di un bovino e plastici mostranti la struttura di organi diversi.
