Il Collegio di San Bonaventura di Roma, conosciuto anche come Pontificio Collegio Sistino o "Seraphicum", fu fondato il 18 dicembre 1587 da papa Sisto V, anch'esso frate minore conventuale, come proseguo degli antichi Studi generali universitari dell'Ordine dei Frati Minori Conventuali. Nella costituzione apostolica "Ineffabilis divinae Providentiae" il pontefice prescrisse in particolare lo studi
o del pensiero di San Bonaventura. In seguito alle soppressioni degli enti ecclesiastici, successive all'Unità d'Italia, nel 1873 il Collegio interruppe l'attività accademica ma non fu mai abolito canonicamente. Nel 1894, nella zona del Velabro, fu eretto il nuovo Collegio Serafico Internazionale al quale, nel 1905, fu annessa la Facoltà teologica con rescritto del pontefice Pio X. Con decreto della Sacra Congregazione dei Seminari e delle Università degli Studi del 13 giugno 1935 alla Facoltà fu dato il titolo di "Pontificia" e con decreto del 13 gennaio 1955 assunse la denominazione attuale di Pontificia Facoltà Teologica "San Bonaventura". La nuova sede della Facoltà, assieme al Collegio Internazionale "Seraphicum", fu aperta nel gennaio del 1964 e inaugurata ufficialmente il successivo 11 ottobre nella zona delle Tre Fontane, nota per il martirio di san Paolo. Dal 1973 è consentito l'accesso ai corsi e gradi accademici della Facoltà anche agli studenti esterni, sia ecclesiastici sia laici. Tra gli studenti illustri della Facoltà vi fu, negli anni 1912-1919, padre Massimiliano Maria Kolbe, martire del nazismo ucciso il 14 agosto del 1941 nel campo di sterminio di Auschwitz, beatificato nel 1971 da Paolo VI e canonizzato nel 1982 da Giovanni Paolo II.
