Protein Data Bank Japan（PDBj、日本蛋白質構造データバンク）

05/06/2026

We will be holding a luncheon seminar at the 26th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
https://aeplan.jp/pssj2026/
on 19 June, 2026. Online participation via Zoom is also available!

Seminar title
Are you ready for the New PDB Beta Archive and Extended PDB IDs?

Seminar abstract
As the Protein Data Bank is running out of 4-character IDs, we expand the ID system to 12 digits. In preparation, the world-wide Protein Data Bank (wwPDB) recently launched the new PDB archive, "PDB Beta," which is available for testing. The directory structure of this new archive is based on the expanded ID, and it will become the main archive after the 4-character PDB IDs are depleted. This Beta archive contains all PDB data and is updated weekly. This seminar will explain the current and future structure of PDB IDs and public archives, as well as the phasing out of the old PDB format. There will also be a Q&A session. We look forward to your participation!

Program
Please check this table.
https://aeplan.jp/pssj2026/document/timetable.pdf

Date
Friday, 19 June 2026 11:00-11:50 (JST=UTC+9)

Venue
Torigin Cultural Center (Tottori)
https://tottori-caf.or.jp/kenbun/access/traffic/
Venue D (Meeting Room 2) & Zoom online

Participation fee
Free (on-site participation requires a separate annual meeting fee)

How to Participate
* For on-site participation, please come directly to the venue. No numbered tickets or other advance distribution will be provided.

* For online participation, please register in advance using this application form (deadline: June 18, 2026).
https://forms.gle/Ms9R9jBuEejcJ3UJA
After registration, you will receive a confirmation email. Please check it. Details, including the URL for online participation, will be sent via email approximately one week before the event.

*With the understanding of the Annual Meeting Organizing Committee and Secretariat, we can provide this important update to researchers in Japan and the Asian region through live Zoom streaming.

Language English

Speaker on site
Dr. Genji Kurisu, Head, PDBj and Professor, Institute for Protein Research, The University of Osaka

Other PDBj staff members are on standby
Prof. Yohei Miyanoiri for NMR deposition
Dr. Gert-Jan Bekker for PDB Data-out
Mr. Masashi Yokochi for One Dep
Dr. Satomi Niwa for biocuration.

Register for online participation in the PDBj's luncheon seminar at the 26th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan (PSSJ), on Zoom, 11:00-11:50(JST), 19 June 26 日本蛋白質構造データバンク(PDBj）が6月19日（金）11:00-11:50に行う、第26回日本蛋白質科学.....

05/06/2026

2026年6月19日（金）第26回日本蛋白質科学会年会
https://aeplan.jp/pssj2026/
にてランチョンセミナーを開催します
Zoomによるオンライン参加（Zoom）も可能です！

学会名：第26回日本蛋白質科学会年会

セミナータイトル：新しいPDB Betaアーカイブと12桁のPDB IDの準備はできていますか？

セミナー概要
PDBの4桁IDは枯渇しつつあるため、ID体系を12桁に拡張します。 wwPDBでは新たなPDBアーカイブ「PDB Beta」の提供を開始し、テストできるようにしています。 この新たなアーカイブのディレクトリ構成は拡張されたIDに基づいており、4文字のPDBIDが枯渇した後はこちらがメインアーカイブとなります。このBetaアーカイブにはすべてのPDBデータが収納されおり、毎週更新されています。 このセミナーではPDBIDや公開アーカイブの構成が現在どうなっていて将来はどうなるのかについて、旧式のPDBフォーマットの廃止に関して解説します。質疑応答の時間も設けています。みなさんのご参加をお待ちしています。

講演要旨をこちらにも掲載しています（英語）。
https://pdbj.org/cms-data/workshop/20260619/2026PSSJ_abst.pdf

プログラム・日程表：こちらをご確認ください

開催日時：2026年6月19日(金) 11:00 ～ 11:50（日本時間＝UTC+9）

会場：鳥取市・とりぎん文化会館　D会場（第2会議室）&Zoomオンライン

対面会場定員：100名

参加費：無料（対面参加は別途学会参加費が必要）

参加方法
・対面参加の場合は直接会場にお越しください。事前に整理券等の配布は行いません。
・オンライン参加の場合は、こちらの申し込みフォームより事前に参加を申し込んでください（2026年6月18日締切）。 申込後、確認メールが届きます。ご確認ください。 オンライン参加するためのアクセス先URLなど詳細は実施1週間ほど前にメールでお送りいたします。

※国内およびアジア地域の研究者の方々にもこの重要な更新情報をお知らせするため、年会組織委員会・事務局のみなさまのご理解を得て、Zoom生配信が可能となりました。

講演言語：英語

講演者・ファシリテーター
栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所）

質疑回答者
宮ノ入 洋平（大阪大学蛋白質研究所、NMR登録）
Gert-Jan Bekker（大阪大学蛋白質研究所、PDB Data-out全般）
横地 政志（大阪大学蛋白質研究所、OneDepシステム全般）
丹羽 智美（大阪大学蛋白質研究所、PDB登録全般）

01/06/2026

バクテリオファージは細菌に感染するウイルスです。これを使った細菌感染症治療薬はかつてからありましたが、抗生物質の登場により下火となっていました。しかし、抗生物質耐性菌の出現により、再びファージを使った治療が注目されつつあります。今回はそのようなお話です。

詳しくは今月の分子「318: 治療用ファージ（Therapeutic Phage）」をご覧ください。
日本語訳（PDBj）
https://numon.pdbj.org/mom/318?l=ja

Bacteriophages are viruses that infect bacteria. While bacteriophages have long been used to treat bacterial infections, their use declined with the advent of antibiotics. However, with the emergence of antibiotic-resistant bacteria, phage-based therapy is once again gaining attention. This article will discuss that topic.

For details, please refer to the Molecule of the Month article 318: Therapeutic Phage
Original English Article（RCSB PDB）
https://pdb101.rcsb.org/motm/318

#バクテリオファージ

03/05/2026

損傷したタンパク質や不要となったタンパク質には分解対象であることを示す「ユビキチン」が付加され、それがプロテアソームに認識されて対象タンパク質は分解されます。分子接着剤分解剤は、ユビキチンを付加するE3ユビキチンリガーゼの働きを変化させ、ユビキチンの付加対象を別のものに変えてしまう薬剤で、PROTACはその一種です。これはがん治療薬などの開発に役立っています。今回はそのような分子のお話です。

詳しくは今月の分子「317: PROTACと分子接着剤分解剤（PROTACs and Molecular Glue Degraders）」をご覧ください。
日本語訳（PDBj）
https://numon.pdbj.org/mom/317?l=ja

Damaged or no longer needed proteins are marked with "ubiquitin," indicating they are to be degraded. This ubiquitin is then recognized by the proteasome, leading to the degradation of the target protein. Molecular glue degraders are drugs that alter the function of E3 ubiquitin ligases, which attach ubiquitin, thereby changing the target of ubiquitin attachment. PROTACs are one such type of drug. These are proving useful in developing cancer treatments and other therapies. This time, we'll be discussing such molecules.

For details, please refer to the Molecule of the Month article 317: PROTACs and Molecular Glue Degraders
Original English Article（RCSB PDB）
https://pdb101.rcsb.org/motm/317

02/04/2026

昆虫も私たちと同様に匂いを感じるしくみを備えていますが、嗅覚受容体タンパク質は大きく異なっています。今回の記事では昆虫が持つ嗅覚受容体の構造について解説します。

詳しくは今月の分子「316: 昆虫の嗅覚受容体（Insect Odorant Receptors）」をご覧ください。
日本語訳（PDBj）
https://numon.pdbj.org/mom/316?l=ja

Insects, like us, have mechanisms for sensing smells, but their olfactory receptor proteins are quite different. This article explains the structure of insect olfactory receptors.

For details, please refer to the Molecule of the Month article 316: Insect Odorant Receptors
Original English Article（RCSB PDB）
https://pdb101.rcsb.org/motm/316

30/03/2026

PDBj Newsletter Vol.26を公開しました。
https://pdbj.org/cms-data/newsletters/jp/newsletter_vol26_j.pdf
2025年度の活動概要を紹介しています。

PDBj Newsletter Vol.26 has been released.
https://pdbj.org/cms-data/newsletters/en/newsletter_vol26_e.pdf
It outlines our activities for the 2025 fiscal year (from Apr 2025 to Mar 2026).

03/03/2026

ヒト免疫不全ウイルス（HIV）によって引き起こされるエイズは、抗レトロウイルス療法によってウイルスの増殖を抑えることにより感染者は長く生きながらえることができるようになっていますが、生涯に渡って毎日服薬を続けなければいけないという問題点があります。これまでの薬はウイルスの酵素や外殻の構造タンパク質を標的としていましたが、新たにウイルス粒子の中でウイルスゲノムの周囲を取り囲んでいる「カプシド」を標的とすることにより、年2回の注射で済むという薬が開発されました。今回はそういう話です。

詳しくは今月の分子「315: レナカパビル（Lenacapavir）」をご覧ください。
日本語訳（PDBj）
https://numon.pdbj.org/mom/315?l=ja

AIDS is caused by the human immunodeficiency virus (HIV), and antiretroviral therapy can suppress the replication of the virus, allowing infected people to survive longer. Still, the problem is that they must take the medication every day for the rest of their lives. Conventional medications targeted viral enzymes or structural proteins on the outer shell. Still, a new drug has been developed that targets the "capsid" that surrounds the viral genome inside the virus particle, allowing for just two injections per year. That's what we'll be talking about in this article.

For details, please refer to the Molecule of the Month article 315: Lenacapavir
Original English Article（RCSB PDB）
https://pdb101.rcsb.org/motm/315

01/02/2026

遺伝情報を格納しているDNAをコンパクトにして収納するのにタンパク質のヒストンが関わっています。かつてはヒストンを持つのは真核生物だけだと考えられていましたが、古細菌や一部の細菌もヒストン様のタンパク質を持つことが分かってきました。今回はこのヒストンに関するお話です。

詳しくは今月の分子「314: 生命の樹におけるヒストン（Histones Across the Tree of Life）」をご覧ください。
日本語訳（PDBj）
https://numon.pdbj.org/mom/314?l=ja

The protein histone is involved in compacting and storing DNA, which stores genetic information. It was once thought that only eukaryotes had histones, but it has now been found that archaea and some bacteria also possess histone-like proteins. This article explains about these histones.

For details, please refer to the Molecule of the Month article 314: Histones Across the Tree of Life
Original English Article（RCSB PDB）
https://pdb101.rcsb.org/motm/314

#ヒストン

03/01/2026

現在、ネットワーク障害のためPDBjの一部サイトにアクセスできません。復旧までの間、後述する代替のURLでのアクセスをお願いします。
メイン：https://pdbjlvh1.pdbj.org/
PDBj統合アーカイブ：https://data.pdbjlvh1.pdbj.org/
wwPDB/RDF：https://rdf.pdbjlvh1.pdbj.org/

Some of PDBj's websites are down due to network trouble. Until we recover them, you can use the alternative URLs.
Main: https://pdbjlvh1.pdbj.org/
PDBj Archive: https://data.pdbjlvh1.pdbj.org/
wwPDB/RDF: https://rdf.pdbjlvh1.pdbj.org/

01/01/2026

DNAから転写されたRNAの大部分はタンパク質の情報をコードしていない「非コードRNA」ですが、立体構造をとってさまざまな細胞内での過程における重要な役割を果たしていることがわかっています。今回はこのRNAでできた集合体に関するお話です。

詳しくは今月の分子「313: 天然RNAだけでできた集合体（Natural RNA-Only Assemblies）」をご覧ください。
日本語訳（PDBj）
https://numon.pdbj.org/mom/313?l=ja

The majority of RNA transcribed from DNA is "non-coding RNA," which does not code for proteins but can form three-dimensional structures and play essential roles in various intracellular processes. This article will discuss the assemblies made up of this RNA.

For details, please refer to the Molecule of the Month article 313: Natural RNA-Only Assemblies
Original English Article（RCSB PDB）
https://pdb101.rcsb.org/motm/313