Biomedical Optics Lab, KAIST

Biomedical Optics Lab, KAIST page for Biomedical Optics Lab, KAIST (PI: YongKeun Paul Park). Recent updates on research results and activities will be provided.

We are thrilled to share our latest research published in Nature Communications:  "Digital aberration correction for enh...
17/02/2025

We are thrilled to share our latest research published in Nature Communications: "Digital aberration correction for enhanced thick tissue imaging exploiting aberration matrix and tilt-tilt correlation from the optical memory effect"
https://www.nature.com/articles/s41467-025-56865-z

🔍 Why is this important?
Optical aberrations are a major challenge in biological imaging, often degrading image quality in cell biology and histopathology diagnostics. Conventional adaptive optics methods struggle with thick tissue imaging, limiting their applicability in biomedical research.

✨ Our breakthrough?
We introduce a computational adaptive optics (CAO) approach that leverages the tilt-tilt correlation from the optical memory effect to digitally correct aberrations in thick biological tissues. This allows for:
✅ Enhanced imaging of human tissues under severe aberrations
✅ Robust performance against sample movement
✅ High-resolution imaging without the need for guide stars or wavefront sensors

🔬 Experimental Validation
Using a transmission-mode holotomography setup, we successfully demonstrated the effectiveness of our method, enabling clearer, more accurate imaging of thick tissues.

🎯 Impact
Our approach paves the way for advanced histopathological imaging, improving diagnostics and biomedical research applications!

Optical aberrations can hinder the quality of imaging outputs, affecting research across many disciplines. Here, using the tilt-tilt correlation from the optical memory effect, the authors are able to correct aberrations in challenging conditions, including highly aberrated or moving samples.

0. 우리 연구팀이 새로운 연구 결과를 발표했습니다. "Extending Rytov Approximation to Vector Waves for Tomography of Anisotropic Materials", P...
16/02/2025

0.
우리 연구팀이 새로운 연구 결과를 발표했습니다.
"Extending Rytov Approximation to Vector Waves for Tomography of Anisotropic Materials", Physical Review Letters (PRL), 2025
https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.134.068101

1.
액정(Liquid Crystal)과 같은 이방성 물질(Anisotropic Materials)은 독특한 광학적 특성을 가지며, 특히 위상 결함(Topological Defects) 과 같은 구조적 특성을 연구하는 것이 중요합니다. 그러나 기존의 2D 이미징 기법만으로는 복잡한 3D 구조를 분석하는 데 한계가 있었습니다.

이번 연구에서는 기존의 Rytov 근사(Scalar Wave)를 벡터 파동(Vector Wave)까지 확장하여, 광학 단층촬영(Tomography) 기반으로 액정의 3D 구조를 정밀하게 분석하는 새로운 방법을 제시했습니다.

2.
이번 연구는 2022년 Nature Materials 에 게재된 "Tomographic measurement of dielectric tensors at optical frequency" https://www.nature.com/articles/s41563-022-01202-8 연구를 기반으로 한 확장 연구입니다. 당시 우리는 3D 유전 텐서(Tensor)를 직접 측정하는 방법을 개발하여, 이방성 물질의 공간적 굴절률 변화와 광학 축(Optic Axis) 정보를 재구성하는 데 성공했습니다. 이번 연구는 이를 한 단계 더 발전시켜 위상 결함과 같은 복잡한 3D 구조를 더욱 정밀하게 분석할 수 있도록 했습니다

0. 오가노이드를 이용하면 발생생물학 연구, drug screening, 동반진단 등 많은 응용이 가능합니다. 하지만 살아있는 오가노이드를 염색 등 전처리 없이, 고해상도로 측정할 수 있는 기술은 없었습니다. sma...
15/10/2024

0. 오가노이드를 이용하면 발생생물학 연구, drug screening, 동반진단 등 많은 응용이 가능합니다. 하지만 살아있는 오가노이드를 염색 등 전처리 없이, 고해상도로 측정할 수 있는 기술은 없었습니다. small molecule로 염색을 해서 제한된 영상을 보거나, 또는 fixation, sectioning후 antibody staining을 해서 2D로 관찰하는 방식을 따르게 됩니다. 오가노이드 그대로 상태를 유지하면서 고해상도 분석이 불가능 한 것이지요.

1. Holotomography로 살아있는 소장 오가노이드의 고해상도 label-free 이미징과 분석 논문을 발표했습니다. IBS 구본경 단장님팀의 organoids 배양 기술, TOMOCUBE의 2세대 홀로토모그래피 HT-X1과 분석 S/W 개발, 그리고 Biomedical Optics Lab, KAIST 이만재 박사의 측정과 분석을 통해 결과물이 나왔습니다.
https://www.nature.com/articles/s12276-024-01312-0

2. 고해상도로 살아있는 organoids를 관찰할 수 있게 되었지만, 새로운 challenges들이 생겨났습니다. 150 um 보다 두꺼운 오가노이드에서는 multiple scattering으로 인한 blurring 문제가 발생하는데, 이를 극복해야만 더 큰 오가노이드에도 적용할 수 있습니다. 그리고 holotomography영상을 보고 세포의 종류와 상태를 분석할 수 있다면 멋질 것 같습니다.

Organoids, miniature 3D structures that imitate real organs, are grown in labs to study human biology and diseases. However, their complex structures and behaviors are hard to understand due to imaging technology limitations. In this study, researchers used a method called low-coherence holotomograp...

Asian Society of Digital Pathology - ASDP 에서 초청 발표가 있었습니다. Holotomography와 AI를 이용해서 3D histopathology를 구현하는 방법을 소개했습니다. ...
03/10/2024

Asian Society of Digital Pathology - ASDP 에서 초청 발표가 있었습니다. Holotomography와 AI를 이용해서 3D histopathology를 구현하는 방법을 소개했습니다. 일본과 싱가폴 연구진들도 매우 훌륭한 연구 결과를 발표해서 큰 자극을 받았습니다. digital pathology는 필연적인 흐름이고, 이렇게 얻어지는 방대한 pathology 정보를 어떻게 AI과 결합해서 어떤 새로운 가치를 만들어 낼 것인가?가 핵심 화두가 되었습니다.

🌟 Exciting Updates for SPIE Photonics West 2025: Quantitative Phase Imaging 🌟We're thrilled to announce that 14 leading ...
02/09/2024

🌟 Exciting Updates for SPIE Photonics West 2025: Quantitative Phase Imaging 🌟

We're thrilled to announce that 14 leading experts are confirmed as invited speakers for the QPI conference at SPIE Photonics West 2025! Don't miss their presentations on the latest research in quantitative phase imaging.

📅 Last Call for Abstracts: Submit by September 9, 2024, to be considered for the program. (see the thread for the link)

🏆 Gabi Popescu Award: In collaboration with the Gabi Popescu Foundation, we'll honor the best presentations with this prestigious award.

See you in San Francisco in January 2025!

이번 주 금요일 8/23 KAIST에서 Quantitative Phase Imaging 심포지움이 열릴 예정입니다. QPI와 holotomography 기술 개발과 바이오/의학 응용 분야에 대한 연구 동향을 파악하실...
18/08/2024

이번 주 금요일 8/23 KAIST에서 Quantitative Phase Imaging 심포지움이 열릴 예정입니다. QPI와 holotomography 기술 개발과 바이오/의학 응용 분야에 대한 연구 동향을 파악하실 수 있는 행사입니다.
관심 있는 분들의 많은 참여 부탁드립니다. 등록비는 무료이구요. 현장 참석 등록하신 분들에게는 저녁식사를 제공해 드립니다. 현장에 직접 못 오시는 분들을 위해서 zoom 온라인 참여도 가능합니다.
프로그램 정보와 등록 링크는 아래 댓글 링크 확인 부탁드립니다.

🌟 Join us for the 4th Quantitative Phase Imaging Symposium at KAIST! 🌟🗓️ Date: 23 August 2024 (Friday)🕘 Time: 09:00-18:3...
08/08/2024

🌟 Join us for the 4th Quantitative Phase Imaging Symposium at KAIST! 🌟

🗓️ Date: 23 August 2024 (Friday)
🕘 Time: 09:00-18:30 KST (GMT+9)
📍 Location: the 5th fl, Cultural bldg.., KAIST, South Korea & Online
Hybrid event (in-person presentation, in-person and online audience)

We're thrilled to invite you to a hybrid event that bridges cutting-edge science with unparalleled networking opportunities. Whether you attend in person or online, be prepared for an intellectually stimulating experience!

📢 Event Highlights:
🔹 Eight distinguished speakers from renowned institutions.
🔹 In-depth discussions on the latest advancements in quantitative phase imaging.
🔹 Engaging poster sessions with opportunities for short talks.

Featured Speakers:
👨‍🏫 Prof. Liangcai Cao (Tsinghua University)
👨‍🏫 Prof. Renjie Zhou (The Chinese University of Hong Kong)
👨‍🏫 Prof. Tong Ling (NTU, Singapore)
👨‍🏫 Prof. Taehyun Hwang (Mayo Clinic, US)
👨‍🏫 Prof. Mooseok Jang (KAIST)
👨‍🏫 Prof. Chulmin Joo (Yonsei University)

🎟️ Registration is FREE! Limited slots available for on-site participation. If on-site slots are fully booked, you can still join us online.
🔗 Register Now: https://bmokaist.wordpress.com/webinar/

Let’s come together to explore the frontiers of optical imaging and cellular dynamics. Don’t miss out on this opportunity to connect with the brightest minds in the field!

Warm regards,
Seung Ah Lee (Yonsei University)
Renjie Zhou (The Chinese University of Hong Kong)
YongKeun (Paul) Park (KAIST)

The 4th Quantitative Phase Imaging Symposium Hybrid event (in-person presentation, in-person and online audience)23 August 2024 (Friday), 2024, 09:00-18:30 KST (GMT+9) Dear Colleagues, As we step i…

SPIE, the international society for optics and photonics President Jennifer Barton made a remarkable visit to KAIST this...
11/07/2024

SPIE, the international society for optics and photonics President Jennifer Barton made a remarkable visit to KAIST this week, engaging with our talented young scientists. It was an incredible opportunity for our students to interact with a pioneering leader in the field of biomedical optics.

🌟 Call for Papers: Quantitative Phase Imaging at SPIE, the international society for optics and photonics Photonics West...
23/06/2024

🌟 Call for Papers: Quantitative Phase Imaging at SPIE, the international society for optics and photonics Photonics West 2025! 🌟

We are thrilled to announce that the Call for Papers for the Quantitative Phase Imaging (QPI) conference at SPIE Photonics West 2025 is now open! We cordially invite you to share your groundbreaking research and innovative applications in the diverse field of QPI.

📅 Key Dates:
• Abstract Submission Deadline: 17 July 2024
• Author Notification: 7 October 2024
• Conference Dates: 25 - 30 January 2025

📍 Location: San Francisco, February 2025

📋 Submission Instructions: https://spie.org/pwb/conferencedetails/quantitative-phase-imaging

KAIST 줄기세포 & 재생생물학 대학원이 설립되었고, 가을학기 신입생 지원을 받고 있습니다. 오늘 온라인 입시 설명회가 있으니 관심있는 분들이 참여 부탁드립니다.사전등록: https://forms.gle/WraGa...
20/03/2024

KAIST 줄기세포 & 재생생물학 대학원이 설립되었고, 가을학기 신입생 지원을 받고 있습니다. 오늘 온라인 입시 설명회가 있으니 관심있는 분들이 참여 부탁드립니다.
사전등록: https://forms.gle/WraGafBq6NGbMsCP6

Label-free imaging 기술들을 이용한 세포와 조직내 lipid droplet 측정 및 분석에 대한 review 논문을 출판했습니다. Raman, fluorescence, Holotomography등 다양...
11/03/2024

Label-free imaging 기술들을 이용한 세포와 조직내 lipid droplet 측정 및 분석에 대한 review 논문을 출판했습니다. Raman, fluorescence, Holotomography등 다양한 방법들이 어떻게 적용될 수 있는지 최신 동향들을 소개하고자 했습니다.
KAIST 김현우 교수님, UCSD Seungeun Oh 교수님, KBSI Seongsoo Lee 박사님 공동 작업
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0955067424000218

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