El Seminario Conciliar de San Ramón Nonnato o Colegio Tridentino, eregido en el año 1680 por orden del Concilio de Trento, es el principal germen de la UNAN-León. El Padre Agustín Ayestas, uno de sus más insignes rectores, se destacó por las gestiones que hizo para convertir el seminario en universidad, gestiones que continuó su sucesor el Obispo Nicolás García Jerez ante las Cortes de Cádiz, que emitieron el decreto constitutivo de la Universidad en el año 1812 : ”... eríjase la Universidad de León con las mismas facultades de las demás de América”, oficialmente instalada en el año 1816La actual UNAN-León fue así la segunda Universidad de Centroamérica y la última de América fundada durante los últimos días de la colonia española.
Los doctores Tomás Ruíz, Agustín Ayestas y Nicolás García Jerez son considerados los fundadores de la Universidad de León cuyo lema inicial fue Sic itur ad astra (por esta ruta hacia las estrellas).
En sus comienzos las academias establecidas en la Universidad enseñaban solamente las cátedras clásicas de Leyes, Cánones y Medicina y hasta un poco más tarde iniciaron los estudios de Farmacia.
La Universidad se reorganizó a mediados de la década de los años 1880 sobre la base del modelo napoleónico o profesionalizante, bajo la influencia del esquema organizativo asumido por el resto de las universidades latinoamericanas; la Universidad respondía, de esa manera, estrictamente a la demanda de profesionales que necesitaba el funcionamiento del estado y la oligarquía postcolonial.
En 1947 la Universidad de León fue elevada al rango de Universidad Nacional como dependencia directa del Ministerio de Educación. En el año 1956 es nombrado Rector de la Universidad Nacional el Dr Mariano Fiallos Gil, quien puso como condición para aceptar el cargo, el que se le diera libertad para nombrar a los profesores y miembros de su equipo de gobierno y que el estado garantizara el otorgamiento de la autonomía universitaria.
Rector Fiallos Gil hizo las gestiones pertinentes y logró la autonomía universitaria el 27 de marzo de 1958
El Rector Fiallos Gil hizo las gestiones pertinentes y logró la autonomía universitaria el 27 de marzo de 1958 mediante el decreto ejecutivo número 38, acuñándose el nuevo lema institucional:"A la libertad por la universidad" lema que mantiene su vigencia hasta nuestros días. La autonomía universitaria fue elevada a rango constitucional en el año 1966 bajo el rectorado del Dr. Carlos Tunnermann B. Se inició a partir de esa fecha una época de transformación y modernización de la universidad, que se prolongó hasta los inicios de los años 80's.
Desde su fundación la Universidad ha estado muy relacionada con el acontecer nacional y ha influido notablemente en el ritmo del cambio social y político de la nación. De las aulas de la Universidad han salido líderes y profesionales de reputación y prestigio nacional e internacional, especialmente personalidades de Costa Rica, Honduras y El Salvador.
La Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua se escinde y transforma en la UNAN-León y UNAN-Managua en el año 1983 por decisión del gobierno de la época. Actualmente, la UNAN-León se rige por la Ley 89 de Autonomía de las Institucionesde Educación Superior y su reforma del año 90 y los Estatutos de 1992.
A partir de 1995, bajo el liderazgo del actual rectorado, se inicia un proceso de reforma universitaria que condujo a la elaboración del Proyecto Educativo de la UNAN-León considerando la redefinición de la Misión institucional, de los principios y valores institucionales; el diseño de nuevos planes de estudio enfocados en la pertinencia social de los mismos, en las metodologías activas y constructivista del aprendizaje, la práctica profesional, la consejería a los estudiantes, las experiencias no cognoscitivas y comunitarias, la integración de la docencia-investigación-extensión, para la formación integral y humanista de los estudiantes, fundamentada en los avances científicos y tecnológicos, la conciencia social, el desarrollo de la democracia, respeto a los derechos humanos, la ética y la moral.
A partir de 1998 inicia la transformación del currículo con la introducción del Año Común que cursan todos los estudiantes que ingresan a la UNAN-León, después de haber aprobado un examen de admisión basado en un test de habilidades, que valora las destrezas que son requeridas en los optantes a emprender estudios universitarios.
Para actualizar y aumentar la oferta de estudios universitarios, en respuesta a la demanda social, en los últimos ocho años se han abierto nueve programas académicos que conducen a igual número de licenciaturas, casi todas con la asesoría y cooperación académica de universidades extranjeras, especialmente españolas.
El proceso de Reforma universitaria es dinámico y continuo y todavía tiene muchos cometidos pendientes, pero, sin duda alguna, podemos colegir de esta rica historia, que la UNAN-León ocupa una posición de vanguardia en la universidad nicaragüense, merced a una también rica combinación de tradición, capacidad de liderazgo e innovación, impulsada por los integrantes de la comunidad universitaria.
