Wydział Nawigacyjny, podobnie jak Wydział Mechaniczny, jako jednostkę uczelni wyższej utworzono w roku 1968 wraz z powołaniem Wyższej Szkoły Morskiej. Początkowo kształcenie prowadzono tu wyłącznie na kierunku nawigacja w specjalności transport morski kształcąc oficerów pokładowych, którzy po uzyskaniu odpowiednich praktyk na statkach w żegludze międzynarodowej i zdaniu przewidzianych przepisami e
gzaminów uzyskiwali kolejne stopnie oficerskie, aż do stopnia kapitana żeglugi wielkiej włącznie. W roku 1985 uruchomiono na Wydziale Nawigacyjnym drugi kierunek studiów - transport ze specjalnością eksploatacja portów i floty. Po czterech latach studia dzienne na tym kierunku przekazano Wyższej Szkole Morskiej w Szczecinie, pozostawiając w Gdyni jedynie studia wieczorowe. Reaktywowanie studiów dziennych na kierunku transport nastąpiło na Wydziale Nawigacyjnym Wyższej Szkoły Morskiej w Gdyni w roku 1997. W związku z tym aktem powołano, z dniem l marca 1998 r. Katedrę Eksploatacji Portów, którą w 2006 przekształcono w Katedrę Systemów Transportowych. Obok stacjonarnych i niestacjonarnych studiów I i II stopnia na kierunku transport, prowadzone jest na Wydziale Nawigacyjnym kształcenie na kierunku nawigacja w specjalność transport morski. Studia na kierunku nawigacja, cieszącym się wieloletnią tradycją, realizowano jako jednolite studia magisterskie. Jednak od roku akademickiego 2007/2008 rozpoczęto kształcenie w systemie studiów dwustopniowych: studia I stopnia (inżynierskie) i studia II stopnia (magisterskie). Obok nowoutworzonej Katedry Systemów Transportowych na Wydziale Nawigacyjnym funkcjonują katedry: Nawigacji, Eksploatacji Statku, Meteorologii i Oceanografii Nautycznej oraz Matematyki. Ta ostatnia zapewnia kształcenia w zakresie matematyki wszystkim wydziałom i kierunkom studiów prowadzonym w Akademii Morskiej w Gdyni.
