Zakład Dydaktyki i Efektów Kształcenia Wydziału Nauki o Zdrowiu Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego, początkowo jako Samodzielna Pracownia Dydaktyki i Efektów Kształcenia, został powołany w maju 2001 r. uchwałą Senatu Akademii Medycznej w Warszawie i umieszczony w strukturze Wydziału Nauki o Zdrowiu. Początkowo, siedziba Zakładu mieściła się na terenie Szpitala Klinicznego Dzieciątka Jezus, ul.
Oczki 4, a w Zakładzie zatrudnionych było 4 pracowników: Elżbieta Drapiewska, mgr Joanna Matlak, mgr Jakub Sokolnicki oraz kierujący Zakładem do września 2013 r. - dr n. Od początku istnienia zatrudnieni w Zakładzie nauczyciele akademiccy prowadzą zajęcia dydaktyczne z obszaru metodologii badań naukowych i metodyki przygotowania pracy dyplomowej dla studentów różnych kierunków studiów stacjonarnych i niestacjonarnych I i II stopnia Wydziału Nauki o Zdrowiu, I i II Wydziału Lekarskiego oraz Wydziału Lekarsko-Dentystycznego. w strukturze Zakładu funkcjonowało również Biuro Karier WUM. Ponadto w Zakładzie prowadzona jest działalność usługowa dla jednostek naukowo-dydaktycznych WUM w zakresie obsługi zaliczeń i egzaminów testowych oraz testowych egzaminów wstępnych. Każdego roku w Zakładzie obsługiwanych jest ponad 250 egzaminów (ponad 30 000 kart egzaminacyjnych).
1 marca 2006 r. pracę w Zakładzie na stanowisku asystenta rozpoczęła mgr Joanna Gotlib. decyzją Senatu WUM z Zakładu wyodrębniono Biuro Karier i ustanowiono je jako samodzielną jednostkę w strukturze administracji Uczelni, którego Kierownikiem został mgr Jakub Sokolnicki. siedziba Zakładu została przeniesiona do budynku ZIAM (ul. Żwirki i Wigury 81) obok Rektoratu WUM. Senat WUM podjął uchwałę przekształcającą Samodzielną Pracownię w Zakład Dydaktyki i Efektów Kształcenia.
1 stycznia 2008 r. pracę w Zakładzie rozpoczął dr n. farm. Mariusz Panczyk. Od r. ak. 2011/2012 w Zakładzie Dydaktyki i Efektów Kształcenia, po raz pierwszy w historii Uczelni, rozpoczęto realizację kształcenia na odległość (e-learning, blended-learning) z przedmiotów dotyczących metodologii badań naukowych i przygotowania pracy dyplomowej dla studentów stacjonarnych i niestacjonarnych studiów I i II stopnia różnych kierunków studiów w WUM.
1 października 2013 r. stanowisko Kierownika Zakładu objęła dr hab. n. o zdr. Joanna Gotlib.