Przed powstaniem Instytutu filozofowie zielonogórscy pracowali w Zakładzie Filozofii Instytutu Pedagogiki Społecznej na Wydziale Pedagogiki Wyższej Szkoły Pedagogicznej im. Baksalary, zdecydował się zatrudnić kilku profesorów z zewnątrz (Andrzeja Wiśniewskiego, Wojciecha Sadego, Kazimierza Jodkowskiego i - nieco później - Adama Groblera) oraz kilku młodych doktorów (Marka Piechowiaka, Wojciecha Żełańca i Beatę Frydryczak). Wcześniej pracowali już profesorowie Ryszard Palacz, Jan Kurowicki i Włodzimierz Kaczocha, a prof. Robert Leszko przeszedł z Instytutu Matematyki. Instytut Filozofii powstał 1 października 1995 r. Pierwszym dyrektorem Instytutu był prof. Krzysztof Kaszyński. W roku akademickim 1996/1997 zostały otwarte w WSP TK stacjonarne, pięcioletnie studia magisterskie w zakresie filozofii. W roku akademickim 2000/2001 zostały uruchomione 3-letnie licencjackie studia zawodowe w zakresie filozofii ze specjalnością wiedza o społeczeństwie, a w roku akademickim 2003/2004 dodatkowo pięcioletnie studia magisterskie w zakresie filozofii ze specjalnością komunikacja i współdziałanie społeczne (studia te zostały parę lat później zamknięte z powodu niezgodności z uchwaloną przez Sejm ustawą o szkolnictwie wyższym) oraz 2-letnie studia magisterskie uzupełniające w zakresie filozofii. Ponadto w roku akademickim 2002/2003 zostały otwarte zaoczne, 3-letnie licencjackie studia zawodowe w zakresie filozofii. Centralna Komisja do spraw Tytułu Naukowego i Stopni Naukowych z dniem 27.03.2000 r. przyznała Instytutowi Filozofii WSP TK uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk humanistycznych w dyscyplinie "filozofia". W roku akademickim 2000/2001 odbyły się pierwsze obrony rozpraw doktorskich w IF. Do dzisiaj stopień doktora filozofii uzyskało w Zielonej Górze 16 osób. W uznaniu wysokiej jakości kształcenia Konferencja Rektorów Uniwersytetów Polskich na wniosek Uniwersyteckiej Komisji Akredytacyjnej w dniu 23 marca 2002 r. udzieliła kierunkowi "filozofia" początkowo dwuletniej akredytacji, a po dwóch latach - pięcioletniej. Instytut rozwijał się dynamicznie do chwili powstania Uniwersytetu Zielonogórskiego. Pierwszy rektor Uniwersytetu, prof. Kisielewicz, który uważał, że mamy za dużo profesorów, wywołał trwający kilka lat kryzys, kiedy wielu pracowników wyprowadziło się z Zielonej Góry. Zły czas jednak minął i stopniowo odbudowujemy dawną renomę ośrodka, tworząc jego nową jakość. Czworo pracowników uzyskało stopień doktora habilitowanego, a trzech nowych profesorów zaczęło u nas pracować. Pracę zaczęli też wyksztalceni i wypromowani u nas adiunkci. Zielonogórski ośrodek filozofii znany jest dzisiaj w Polsce przede wszystkim z pracy dwóch zespołów badawczych. Jeden z nich zajmuje się relacją "nauka a religia", drugi zaś - filozofią rosyjską. Pracownicy Instytutu uczestniczą w międzynarodowych i krajowych konferencjach naukowych, publikują w najlepszych czasopismach, także z tzw. listy filadelfijskiej oraz wydają specjalistyczne serie książkowe.
