En el año 1992, inicia actividades como Instituto de Ciencias Agropecuarias de la Universidad de Pilar en Formación, en el local de la Basílica Menor “Ntra. Del Pilar” cita en Palma y Tacuary, con el título de Técnico Superior Agropecuario (3 años de duración) y su organización estaba a cargo de un Coordinador General, recayendo esta función en la persona del Dr. Carlos Torres, Primer Coordinador General de la Universidad Nacional de Pilar en Formación. Durante el año 1995 se crea la Facultad de Ciencias Agropecuarias y Desarrollo Rural por Resolución N° 80/95, de fecha 30/06/1995, de la Coordinación General de la Universidad Nacional de Pilar. Es en el año 1996, que se implementa la carrera “Licenciatura en Ciencias Agropecuarias” (5 años de duración) previa presentación del Trabajo de Grado, con los títulos intermedios de: Técnico Superior Agropecuario (4 años) y Perito Agropecuario (3 años). Recién a partir de año 1998, es que Facultad de Ciencias Agropecuarias y Desarrollo Rural empieza a funcionar en su actual local propio, barrio Ytororó – Pilar, cuya inauguración oficial se realizó el 14 de julio del año 1999. En el año 2000, se habilita la carrera de Administración de Establecimientos Ganaderos, con 4 semestres de duración, otorgando el título de Técnico en Administración de Establecimientos Ganaderos. En setiembre del año 2000, se elige nuevo decano, recayendo la responsabilidad en el Med. Marcelo Ghiringhelli, para Decano y el Med. Gustavo Granada para Vice decano. En el transcurso del año 2001, se implementa la carrera de “Ingeniería Agropecuaria”, reconocida por el Consejo de Universidades, según Acta N° 86, 31/10/2001; con el título de “Ingeniero Agropecuario”, con una duración de 5 años; previa presentación del Trabajo de Grado. Al término de los cuatro años se opta por una de las orientaciones que son: Producción Animal y Producción Vegetal. Se habilita carrera de Bromatología en el año 2004, con dos años de duración, otorgando el título de Técnico en Bromatología. Durante el año 2005, se renuevan las autoridades de la facultad, en elecciones realizadas en setiembre, siendo electos el Ing. Agr. Gustavo Retamozo y el Ing. Agrop. Víctor Riveros, para Decano y Vice decano respectivamente. En el año 2006, se habilita el Primer Curso – Sección “B” de la carrera “Ingeniería Agropecuaria” de la Facultad de Ciencias Agropecuarias y Desarrollo Rural de la Universidad Nacional de Pilar, en la ciudad de San Juan Bautista – Misiones; por Resolución N° 21/2006, del Consejo Directivo de la Facultad de Ciencias Agropecuarias y Desarrollo Rural. Un nuevo Reglamento Académico es aprobado durante el año 2007. Es a partir del año 2008, que la Facultad de Ciencias Agropecuarias y Desarrollo Rural incorpora los rubros, necesarios para los cargos de Director Académico y Profesores de Tiempo Completo. Dentro del marco de validación del Reglamento Académico se ha cumplido con la recepción y verificación del Plan Anual Académico de las diferentes cátedras, en donde se da énfasis a las Clases Prácticas. En el año 2009, se desarrollan dos tecnicaturas: Técnico Superior en Administración y en Forestal. Se realiza la primera Especialización y se crea la Coordinación de Post Grado de la Facultad. Se avanza en los trabajos de documentación para la acreditación. Se realiza el primer análisis FODA por estamentos de la institución. A partir del año 2010, se implementa el “Programa Primera Experiencia a Alumnos” en la Facultad de Ciencias Agropecuarias y Desarrollo Rural; Encuesta de Bienestar Estudiantil a los alumnos del primer año de la carrera “Ingeniería Agropecuaria”. Construcción del “Salón multiuso con baño sexado” en la institución; construido por la Gobernación del Departamento de Ñeembucú para el Centro de Capacitación de la institución, solicitado en un proyecto. Refacción de las dos salas de producción y la construcción de una sala a continuación de la misma, del presupuesto de la Facultad. Recepción de la donación de libros del IICA para la Biblioteca de la Institución.
