Астраханский государственный медицинский университет основан в 1918 году, как медицинский факультет Астраханского университета. В 1922 году все факультеты университета, кроме медицинского, были упразднены, а университет преобразован в медицинский институт. В 1922 году, а затем в 1970 году, студенты и преподаватели института принимали участие в ликвидации эпидемии холеры. В 1927 году институт получ
ил в пользование здание бывшей армянской духовной семинарии, которое стало базовым административным и теоретическим корпусом вуза. В 1937 году построено первое студенческое общежитие.
В 1948 году образовано студенческое научное общество (СНО). В 1963 году построено второе, в 1966 году — третье, в 1976 — четвёртое и в 1980 году — пятое студенческие общежития. В 1977 году открыта ЦНИЛ.
В 1987 году построен новый (сегодня – главный) теоретический корпус. В 1988 году открыт музей истории вуза, в 1993 году — факультеты усовершенствования врачей, постдипломной подготовки, иностранных студентов. В 1995 году Астраханский государственный медицинский институт переименован в Астраханскую государственную медицинскую академию. В последнее десятилетие открыты и работатют НИИ КИП, УНДЦ, наркологический центр, докторантура, много новых кафедр и служб.
В академиии 11 факультетов, 60 кафедр и курсов. В академии открыта аспирантура по 26 специальностям, докторантура - по 3. В настоящее время в академии обучается 3780 студентов, 197 интернов, 176 ординаторов, 73 аспиранта. С 1923 года выпущено более 25400 врачей.
31 октября 2014 года министром здравоохранения РФ Скворцовой В.И. был подписан приказ о внесении изменений в устав ГБОУ ВПО АГМА Минздрава РФ, согласно которому академия была переименована в Астраханский государственный медицинский университет.
