Bioinformatics Institute

Home
Russia
Saint Petersburg
Bioinformatics Institute

Bioinformatics Institute is non-governmental non-profit bioinformatics research and educational institution.

Bioinformatics Institute offers additional education and allows students to combine studies at the Institute with their main educational programs, professional or research career. It's mission is to educate new generation of highly skilled professionals and popularize Bioinformatics in Russia. Apart from our long-term programs, we organize a variety of other events, such as intensive research work

shops, summer schools, hackathons, programming contests, and many more. Institute also creates online courses and implements blended learning techniques into its curriculum.

-----

Институт биоинформатики открыт в марте 2013 года в Санкт-Петербурге на основе курсов по биоинформатике, существующих с 2010 года.

Ежегодные программы Института нацелены на студентов средних и старших курсов математических, технических и биологических специальностей, интересующихся биоинформатикой.

Институт также проводит мероприятия для уже состоявшихся специалистов, как биологического, так и технического профиля, которые хотят повысить свою квалификацию и получить актуальные знания в области.

Институт сотрудничает с профильными компаниями, лабораториями и вузами. По итогам обучения слушатели могут пройти стажировку, получить трудоустройство или продолжить обучение в России или за рубежом.

24/08/2026

Alpha в статьях [3/3]: Как AlphaMissense оценивает патогенность миссенс-мутаций в опухолях

Недавно у нас прошел онлайн-воркшоп 2026 «Альфа, альфа, альфа»! Сами встречи уже позади, а участники делают факультативные задания от преподавателей для закрепления навыков. Но темы искусственного интеллекта и работы с нейросетями в биоинформатике остаются с нами.

Сегодня делимся свежим исследованием*, в котором применили модель AlphaMissense для оценки миссенс-вариантов неопределенной значимости – вариантов с изменением аминокислотной последовательности (VUS, variants of uncertain significance), клиническое значение которых оставалось неизвестным.

Авторы проанализировали данные секвенирования опухолей 56 965 пациентов из таргетированной панели MSK-IMPACT в Memorial Sloan Kettering Cancer Center. В фокусе были шесть ключевых генов DDR: BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C, ATM и POLE.

Модель применили для поиска миссенс-вариантов, потенциально нарушающих функцию белка, а затем проверяли эти предсказания по независимым биологическим и клиническим маркерам. В частности, для BRCA1/2, PALB2 и RAD51C оценивали наличие мутационных сигнатур, характерных для дефицита гомологичной рекомбинации.

Ключевые результаты:
• Из 6 743 уникальных миссенс-вариантов авторы с помощью AlphaMissense классифицировали 1 182 (17,5%) как потенциально патогенные, хотя ранее они не имели такой категории.
• Для BRCA1/2, PALB2 и RAD51C предсказанные патогенные варианты действительно чаще обнаруживались в опухолях с высокими показателями дефицита гомологичной рекомбинации.
• Для ATM авторы нашли соответствие с другими биологическими маркерами нарушения функции гена.
• Для POLE результаты оказались менее однозначными. Это связано с особенностями его миссенс-мутаций: патогенные варианты в экзонуклеазном домене POLE чаще дают доминантно-негативный эффект или приводят к накоплению огромного числа мутаций (фенотипу гипермутабельности), а не просто к потере функции белка.

Авторы статьи показали высокую эффективность AlphaMissense как инструмента для приоритизации ранее не охарактеризованных вариантов перед последующей функциональной и клинической валидацией.

06/08/2026

Alpha в статьях [2/3]: Как AlphaFold и RFdiffusion создают противораковые белки de novo

Продолжаем нашу мини-серию разборов! Во втором выпуске показываем, как модели от Google DeepMind помогают не просто искать механизмы болезней, а с нуля проектировать новые лекарства.

Выпуск №2: AlphaFold

Авторы исследования* разработали de novo TCR-mimic – компактный белок, имитирующий работу Т-клеточного рецептора. Он способен распознавать опухолевые антигены на поверхности клеток и нацеливать иммунную систему на их уничтожение. В качестве мишени был выбран комплекс NY-ESO-1/HLA-A*02, а полученная молекула показала высокую эффективность как в составе биспецифических препаратов, так и в CAR-T терапии.

Основная роль AlphaFold заключалась в предсказании и проверке структуры белка в процессе его разработки:

• Сначала с помощью AlphaFold2 предсказали трехмерную структуру комплекса NY-ESO-1/HLA-A*02, которая затем использовалась как мишень для генерации новых белков с помощью RFdiffusion.

• После этого AlphaFold2 предсказывал, как каждый из сгенерированных белков будет связываться с этим комплексом, а по метрике iPAE исследователи отбирали наиболее перспективные кандидаты.

• После получения кристаллической структуры AlphaFold-модель сравнили с экспериментальными данными: общая геометрия комплекса была предсказана с высокой точностью.

Разбор показывает, как сочетание моделей помогает отсеять неперспективные варианты, сократить объем лабораторной работы и сфокусироваться на фильтрации и приоритизации наиболее перспективных кандидатных молекул.

Разбирать такие механизмы и применять нейросети от Google альфа, альфа»!

Регистрация открыта до 7 августа.

Ждем вас среди участников! ❤️

Karsten D. Householder et al. ,De novo design and structure of a peptide–centric TCR mimic binding module. Science389,375-379(2025).DOI:10.1126/science.adv3813

04/08/2026

Какие навыки вы освоите на онлайн-воркшопе «Альфа, альфа, альфа»? | Регистрация до 7 августа

8 и 15 августа пройдет онлайн-воркшоп Института биоинформатики, посвященный моделям AlphaGenome, AlphaFold и AlphaMissense. Преподаватели Никита Ваулин и Александра Мамчур разберут принципы работы инструментов и их практическое применение.

Мы решили подробнее рассказать о том, какие конкретно прикладные задачи вы научитесь решать на воркшопе. Собрали ключевые навыки по каждому из трех блоков в карточках!

Стоимость:
• 9 000 рублей – при оплате до 4 августа 23:59 МСК
• 14 000 рублей – при оплате с 5 по 7 августа
• 25 000 рублей – для юридических лиц

Особая цена для выпускников Института биоинформатики на все время набора – 9 000 рублей. Специальная стоимость доступна всем, кто успешно окончил наши программы переподготовки или интенсивы и получил диплом.

Будем рады видеть вас среди участников!

31/07/2026

Alpha в статьях [1/3]: Как AlphaGenome находит причины болезни Альцгеймера

Запускаем мини-серию разборов! В ближайшую неделю покажем три реальных исследования, где ученые использовали модели семейства Alpha от Google DeepMind для решения сложных биологических задач.

Выпуск №1: AlphaGenome

Авторы исследования* искали генетические и молекулярные механизмы, стоящие за болезнью Альцгеймера. Они объединили данные GWAS и различных типов QTL, но некодирующие генетические варианты (SNP) всегда сложно интерпретировать функционально – непонятно, как именно точечная мутация влияет на развитие патологии.

Для валидации кандидатов и функциональной интерпретации регуляторных вариантов авторы применили AlphaGenome. Модель использовали как фильтр: она прогнозирует, как генетические изменения влияют на экспрессию, сплайсинг и активность регуляторных элементов, помогая перейти от широкого списка GWAS-сигналов к конкретным точечным механизмам.

Что нашли:

• Анализ с помощью AlphaGenome показал, что один из генетических вариантов SNP rs4233366 оказывает выраженный аллель-специфический эффект: он меняет экспрессию и нарушает нормальный сплайсинг гена FCER1G. AlphaGenome предсказал сразу два эффекта: падение уровня экспрессии и нарушение нормального сплайсинга (сборки итоговой мРНК).

• Раньше FCER1G был лишь одним из генов-кандидатов из GWAS-ассоциаций. AlphaGenome показал аллель-специфичный регуляторный эффект (разницу в работе гена при наличии мутации и без нее), что совпало с данными колокализации и менделевской рандомизации.

• Вместо того чтобы вручную делать мутагенез в клеточных линиях и месяцами валидировать сотни некодирующих вариантов на ПЦР и вестерн-блотах, исследователи провели in silico скрининг. AlphaGenome сразу указал на конкретную точку rs4233366 и ее конкретную мишень, дав ученым готовый молекулярный механизм для проверки.

Разбирать такие механизмы и применять нейросети от Google DeepMind в собственных проектах мы будем на летнем онлайн воркшопе «Альфа, альфа, альфа»! Регистрация открыта до 7 августа.

22/07/2026

Открыт набор на новую программу «Биоинформатика для биологов. Ступень III» | Прием заявок до 6 сентября, 23:59 МСК

В 2019-2020 году у выпускников программы переподготовки «Биоинформатика для биологов» была возможность присоединиться к «третьему семестру» – учебному блоку повышенной сложности. Мы переработали эту концепцию в самостоятельную двухмесячную программу с опорой на избранные главы практикума по биоинформатике и передовые вопросы машинного обучения.

Программа состоит из 5 дисциплин:
• Практикум по биоинформатике
• Избранные главы ML
• Продвинутый Python
• Архитектура Linux и контейнеры
• AI в биоинформатике

Этапы поступления:
• заполнить анкету до 6 сентября, 23:59 МСК
• решить отборочное тестовое задание до 10 сентября, 23:59 МСК (будет доступно с 3 августа)
• пройти собеседование (август – сентябрь). Комиссия проверяет тестовые задания по мере их поступления, поэтому раннее решение ускорит получение приглашения на интервью.

Стоимость:
• 85 000 рублей – для физических лиц
• 75 000 рублей – для выпускников Института биоинформатики. Специальная стоимость доступна всем, кто успешно окончил наши программы переподготовки или интенсивы и получил диплом или удостоверение о повышении квалификации.

Доступна беспроцентная рассрочка – оплату можно разделить на два равных платежа.

– По всем вопросам: [email protected]

Ждём ваших заявок! ❤️

14/07/2026

Открыт набор на Летний онлайн воркшоп 2026 «Альфа, альфа, альфа»! | Регистрация до 7 августа

Модели семейства Alpha от Google DeepMind стали ключевыми инструментами современной биоинформатики. На воркшопе мы разберем принципы их работы и освоим их на практике: от анализа регуляторных свойств генома до предсказания структуры белков и оценки эффектов мутаций.

Воркшоп пройдет онлайн 8 и 15 августа и будет состоять из двух больших блоков:

• 8 августа – AlphaGenome (преподаватель Никита Ваулин): предсказание функциональных свойств генома по ДНК, variant scoring и in silico мутагенез.
• 15 августа – AlphaFold & AlphaMissense (преподаватель Александра Мамчур): предсказание белков и комплексов через AlphaFold Server/DB, оценка метрик качества и предсказание патогенности миссенс-вариантов.

Все задания выполняются в Google Colab. Для работы с AlphaGenome рекомендуется заранее получить API-ключ.

Стоимость:
• 9 000 рублей – при ранней оплате до 4 августа
• 14 000 рублей – при оплате с 5 по 7 августа
• 25 000 рублей – для юридических лиц

Особая цена для выпускников Института биоинформатики на все время набора – 9 000 рублей. Рады видеть наших студентов снова! Специальная стоимость доступна всем, кто успешно окончил наши программы переподготовки или интенсивы и получил диплом.

Будем рады видеть вас среди участников! ❤️

11/07/2026

Завершился третий сезон открытого онлайн-лектория «Разрушители статистических мифов»!

За прошедшие три сезона преподаватели трека по биостатистике Института биоинформатики разобрали девять мифов, которые могут увести исследователя совсем не туда!

1 сезон:
🦖 Миф №1: Статистика – наука точная, и в ней нет места мифам | Евгений Бакин

🦖 Миф №2: Доверительные интервалы и p-значения — это то, чем они кажутся | Ольга Мироненко и Максим Кузнецов

🦖 Миф №3: Ненормальное распределение требует ненормальных решений | Матвей Славенко

2 сезон:
🦖 Миф №4: Категорически категорично, или «просто разбей на группы» | Алексей Глазков

🦖 Миф №5: Рандомизация — смешать и не взбалтывать | Артемий Охотин

🦖 Миф №6: Визуализация — это просто красивые графики | Елена Убогоева

3 сезон:
🦖 Миф №7: Автоматизированный выбор многофакторной модели: кто ищет, тот всегда найдет | Евгений Бакин

🦖 Миф №8: Придай нормальности описательной статистике | Алексей Глазков

🦖 Миф №9: Расчёт мощности: лучше поздно, чем никогда | Матвей Славенко

Записи всех лекций доступны:
- на сайте лектория
- на YouTube-канале Института биоинформатики

Благодарим вас за активное участие в лектории, до встречи! ❤️

Мы уже начали готовить кое-что интересное для вас!

Address

Kantemirovskaya, 2A
Saint Petersburg
197342

Website

http://bioinf.me/

Alerts

Be the first to know and let us send you an email when Bioinformatics Institute posts news and promotions. Your email address will not be used for any other purpose, and you can unsubscribe at any time.

Contact The University

Send a message to Bioinformatics Institute:

Want your university to be the top-listed University in Saint Petersburg?