สภานักศึกษามหาวิทยาลัยแม่โจ้ เดิมชื่อ สภานักศึกษาแม่โจ้ จัดตั้งขึ้นเป็นครั้งแรกเมื่อปี ๒๕๒๗ ภายใต้ข้อบังคับสถาบันเทคโนโลยีการเกษตร ว่าด้วยกิจกรรมนักศึกษา ปี ๒๕๒๓ หมวดที่ ๓ ข้อที่ ๙ และหมวดที่ ๔ ข้อที่ ๑๐ ตลอดระยะเวลาที่ผ่านมา มีผู้ดำรงตำแหน่งประธานสภานักศึกษาทั้งสิ้น ๒๖ คน ดังนี้
ปีการศึกษา
๒๕๒๗ นายนิรุทธิ์ สุขเจริญ
๒๕๒๘ นายสุพรชัย เหลืองพิพัฒน์
๒๕๒๙ นายนิวัตร จำปี
๒๕๓๐ นายไชยา อ้ว
ยเส็ง
๒๕๓๑ นายปิยรัฐ ปรียากร
๒๕๓๒ นายจำลอง มะตาด
๒๕๓๓ นายพิพัฒน์ เจือละออง
๒๕๓๔ นายณรงชัย เจริญรุจิทรัพย์
๒๕๓๕ นายฐิระ ทองเหลือ
๒๕๓๖ นายกิติชัย สังข์ทอง
๒๕๓๗ นายจีรศักดิ์ กล้างาน
๒๕๓๘ นายกฤษณะ ธนธนานนท์
๒๕๓๙ นายเร่งรัด สุทธิสน
๒๕๔๐ นายถาวร ทาธิวัน
๒๕๔๑ นายกรกช เสมสีสม
๒๕๔๒ นายรัฐวิชญ์ พาฉิมพลี
๒๕๔๓ นายรัฐวิชญ์ พาฉิมพลี
๒๕๔๔ นายประธาน เดชขำ
๒๕๔๕ นายเกศรินทร์ ยะโส
๒๕๔๖ นายวิฑูรย์ ศรีหาบุญทัน
๒๕๔๗ นายวิฑูรย์ ดาชนบท
๒๕๔๘ นายทิเนศร์ รัตนพันธ์
๒๕๔๙ นายไตรเทพ หว่างหวังศรี
๒๕๕๐ นายกิตติพงษ์ ไชยบุญชู
๒๕๕๑ นายเฉลิมพล วิรัญ
๒๕๕๒ นางสาวยุพา จูด้วง
๒๕๕๓ นายกิตติชัย ภาคีธรรม
๒๕๕๔ นายไตรภพ วันละคำ
๒๕๕๕นายสุรชัย ศรีนรจันทร์
๒๕๕๖ นายปิยณัฐณ์ เศรษฐ์จันทร์
ปัจจุบันปีการศึกษา ๒๕๕๗ สภานักศึกษามหาวิทยาลัยแม่โจ้มี นายชาญชัย จังอินทร์ ดำรงตำแหน่งประธานสภานักศึกษา มีสมาชิกสภานักศึกษาที่เป็นคณะกรรมาธิการสามัญจำนวน ๔๕ คน มีสมาชิกสภานักศึกษาที่เป็นคณะกรรมาธิการวิสามัญจำนวน ๕๐ คน
การดำเนินงานของสภานักศึกษามีอาจารย์ที่ปรึกษาคือ นายปัญญาวัจน์ ชลวิชิต หัวหน้างานหอพัก ผู้ช่วยอธิการบดี ดร. ทองเลียน บัวจูม ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.วาที คงบรรทัด และกองกิจการนักศึกษา งานกิจกรรมนักศึกษา เป็นผู้ให้คำปรึกษาทั่วไปแก่สภานักศึกษา ซึ่งในส่วนคณะกรรมการดำเนินงานส่วนกลางประกอบด้วยคณะกรรมาธิการสามัญและคณะกรรมาธิการวิสามัญ สภานักศึกษาจำนวน ๑๑ คน มีผู้ดำรงตำแหน่งคณะกรรมการดำเนินงาน ดังนี้
๑. ประธานสภานักศึกษา
๒. รองประธานสภานักศึกษา คนที่ ๑
๓. รองประธานสภานักศึกษา คนที่ ๒
๔. เลขานุการสภานักศึกษา
๕. เหรัญญิกสภานักศึกษา
๖. กิจการพิเศษ
๗. ศิษย์เก่าสัมพันธ์
๘. พัสดุ
๙. ประกันคุณภาพการศึกษา
๑๐. วิเทศสัมพันธ์
๑๑. นโยบายและแผนการดำเนินงาน
และสภานักศึกษา ได้มีการแบ่งส่วนการบริหารออกเป็น ๕ ฝ่าย คือ ฝ่ายพิจารณาโครงการและงบประมาณ ฝ่ายตรวจสอบการเงิน ฝ่ายวิเคราะห์และประเมินผลโครงการ ฝ่ายเสียงสภาและสารสนเทศ และฝ่ายสวัสดิการของนักศึกษา โดยแต่ละฝ่ายมีประธานและคณะกรรมการฝ่ายตามความเหมาะสมซึ่งมีการปฏิบัติตามลักษณะการดำเนินกิจกรรมภายในมหาวิทยาลัยดังนี้
๑. ฝ่ายพิจารณาโครงการและงบประมาณ ทำหน้าที่พิจารณาโครงการต่าง ๆ ที่เสนอโดยสภานักศึกษา องค์การนักศึกษา สโมสรนักศึกษา ชมรม ซึ่งฝ่ายพิจารณาโครงการนั้นอาจเห็นชอบหรือไม่เห็นชอบในโครงการกิจกรรมต่าง ๆ ได้ และพิจารณาหรือตัดงบประมาณในโครงการต่าง ๆ ที่เสนอโดยสภานักศึกษา องค์การนักศึกษา สโมสรนักศึกษา และชมรม ทั้งนี้เพื่อให้การดำเนินงานก่อให้เกิดประโยชน์แก่นักศึกษามากที่สุด โดยพิจารณาควบคุมให้อยู่ในระเบียบข้อบังคับมหาวิทยาลัยแม่โจ้ว่าด้วยกิจกรรมนักศึกษาปี พ.ศ. ๒๕๔๓ และพิจารณาควบคุมให้อยู่ในระเบียบการเบิกจ่ายเงินค่าใช้จ่ายในการส่งเสริมกิจกรรมนักศึกษา พ.ศ. ๒๕๕๓
๒. ฝ่ายตรวจสอบการเงิน ทำหน้าที่ตรวจสอบการใช้จ่ายเงินของสภานักศึกษา องค์การนักศึกษา สโมสรนักศึกษา ชมรม ติดตามผลการดำเนินงานขององค์การนักศึกษาอย่างใกล้ชิด ออกหนังสือเชิญองค์การนักศึกษา สโมสรนักศึกษา ชมรม เข้าประชุมเมื่อมีปัญหาเกี่ยวกับการเงิน ติดตามการเก็บเงินของสภานักศึกษา องค์การนักศึกษา สโมสรนักศึกษา ชมรม ให้ถูกต้องไม่ซ้ำซ้อน ออกหนังสือแจ้งองค์กรนักศึกษาที่มีปัญหาเรื่องการเงินกับทุกองค์กรที่กล่าวมา
๓. ฝ่ายวิเคราะห์และประเมินผลโครงการ ทำหน้าที่วิเคราะห์ข้อมูลจากแบบสอบถาม หาแนวทางในการแก้ปัญหา ติดตามและประเมินผลว่ากิจกรรมที่องค์กรต่าง ๆ ของนักศึกษา ที่จัดทำขึ้นนั้นประสบผลสำเร็จตามวัตถุประสงค์หรือมีข้อบกพร่องประการใด ชี้แจงข้อผิดพลาดและปัญหาที่เกิดขึ้นในการทำกิจกรรมของนักศึกษา วิเคราะห์และประเมินผลการดำเนินงานขององค์กรนักศึกษาภายในมหาวิทยาลัย และทำหน้าที่ในการวิเคราะห์ผลการดำเนินงาน แบบสอบถามของสภานักศึกษา
๔. ฝ่ายเสียงสภาและสารสนเทศ ทำหน้าที่ในการประมวลปัญหา และเสนอข้อเสนอแนะของนักศึกษาออกในรูปของสิ่งพิมพ์ต่าง ๆ เช่น จัดทำหนังสือพิมพ์เสียงสภา สารสภา วารสาร ฯลฯ จัดทำ สื่อวีดีทัศน์และเทคโนโลยีสารสนเทศต่าง ๆ เป็นสื่อกลางในการสร้างความเข้าใจระหว่างผู้บริหารและนักศึกษา เผยแพร่ข่าวสารของมหาวิทยาลัย กิจกรรมของนักศึกษา สาระน่ารู้ที่เป็นประโยชน์แก่นักศึกษา และผู้ที่สนใจ
๕. ฝ่ายสวัสดิการของนักศึกษา ทำหน้าที่รักษาสิทธิผลประโยชน์ของนักศึกษาในด้านสวัสดิการที่ได้รับจากมหาวิทยาลัย สถานประกอบการต่าง ๆ รับเรื่องร้องเรียน และปัญหาต่าง ๆ ที่ได้รับการร้องเรียนจากนักศึกษาในมหาวิทยาลัยแม่โจ้ แล้วพิจารณาทำหนังสือเสนอต่อผู้บริหารหรือผู้ที่เกี่ยวข้องเพื่อรับทราบและแก้ไข รักษาสิทธิประโยชน์ในด้านการซื้อสินค้า อาหาร การถ่ายเอกสารแก่นักศึกษาในราคาที่ยุติธรรมตามราคาจริงของสถานประกอบการ และเสนอปัญหาที่นักศึกษาไม่ได้รับความเป็นธรรมในด้านสวัสดิการต่าง ๆ จากสถานประกอบการ หน่วยงานในมหาวิทยาลัย บุคลากร อาจารย์ รุ่นพี่ หรือการตรวจสอบข้อเท็จจริงเพื่อความยุติธรรมแก่นักศึกษาตามแนวทางประชาธิปไตย