Kuruluşu 21 Temmuz 2010 tarih ve 27648 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanmıştır.
10.12.2010’da Prof. Dr. Muzaffer Şeker Kurucu Rektör olarak atanmıştır.
Üniversitemiz 2010 yılında 6005 sayılı Kanunla Konya Üniversitesi adıyla kurulmuş, bünyesinde 6 Fakülte (Eğitim Bilimleri Fakültesi, Fen Fakültesi, Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi, Mühendislik Mimarlık Fakültesi, Sosyal ve Beşeri Bilimler Fakültesi ile Turizm Fakültesi), 3 Enstitü (Eğitim Bilimleri Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sosyal Bilimler Enstitüsü) ve 1 Yüksekokul (Yabancı Diller Yüksekokulu) yer almıştır.
2011 yılında 2011/2620 sayılı Bakanlar Kurulu Kararıyla, Selçuk Üniversitesi Rektörlüğü bünyesinde yer alan Ahmet Keleşoğlu Eğitim Fakültesi, Ahmet Keleşoğlu İlahiyat Fakültesi ve Meram Tıp Fakültesi Üniversitemize bağlanmıştır.
2012 yılında 6287 sayılı Kanunla Üniversitemizin adı Necmettin Erbakan Üniversitesi olarak değiştirilmiştir. Aynı yıl içinde Diş Hekimliği Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Türk Müziği Devlet Konservatuvarı, Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu kurulmuştur.
2013 yılında 2013/4480 sayılı Bakanlar Kurulu Kararıyla, Selçuk Üniversitesi bünyesinde yer alan Seydişehir Ahmet Cengiz Mühendislik Fakültesi, Ereğli Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Ereğli Eğitim Fakültesi, Seydişehir Meslek Yüksekokulu, Seydişehir Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Konya Ereğli Kemal Akman Meslek Yüksekokulu Üniversitemize bağlanmıştır. Aynı yıl içinde Eğitim Bilimleri Fakültesi kapatılmış, Adalet Meslek Yüksekokulu kurulmuştur.
20 Kasım 2014 tarihinde yapılan Rektörlük Seçiminde 595 oy alan Prof. Dr. Muzaffer Şeker, 9 Aralık 2014 tarihinde Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı Sayın Recep Tayyip Erdoğan tarafından yeniden atanmıştır. 2014 yılında Ereğli Adalet Meslek Yüksekokulu, 2015 yılında Hukuk Fakültesi kurulmuştur.
2017 yılında Siyasal Bilgiler Fakültesi, Seydişehir Sağlık Bilimleri Fakültesi, Meram Meslek Yüksekokulu kurulmuş; Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu, Uygulamalı Bilimler Fakültesi’ne dönüştürülmüştür.
2547 sayılı kanunun 13 üncü ve 3 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin 2 nci, 3 üncü ve 7 nci maddeleri gereğince Üniversitemiz Rektörlüğüne Prof. Dr. Cem Zorlu, 22 Kasım 2018 tarihinde Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı Sayın Recep Tayyip Erdoğan tarafından atanmıştır.
2018 yılında Hemşirelik Fakültesi, 2019 yılında Ereğli Veteriner Fakültesi ile Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu kurulmuş, 2020 yılında Ereğli Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Ziraat Fakültesine dönüştürülmüştür.
